Dr Roy Basch är en intelligent men naiv AT-läkare som arbetar på ett sjukhus som kallas House of God efter att ha avslutat sina medicinska studier vid BMS (”Best Medical School”). Han är dåligt förberedd på de slitsamma arbetstiderna och det plötsliga ansvaret utan god vägledning från äldre behandlande läkare. Han börjar året på en rotation som övervakas av en gåtfull och ikonoklastisk överläkare som går under namnet The Fat Man. Fat Man lär honom att det enda sättet att hålla patienterna friska och överleva psykologiskt är att bryta mot de officiella reglerna. Fat Man förser sina AT-läkare med visdom, t.ex. sina egna ”lagar för Guds hus” (som uppgår till 13 i slutet av boken). En av hans läror är att i Guds hus skadar de flesta av de diagnostiska förfaranden, behandlingar och mediciner som patienterna som kallas ”gomers” (se ordlistan nedan) faktiskt dessa patienter i stället för att hjälpa dem. Basch blir övertygad om riktigheten i den fete mannens råd och börjar följa dem. Eftersom han följer den fete mannens råd och inte gör något åt gomerna förblir de friska. Därför erkänns hans team som ett av de bästa på sjukhuset, och han erkänns som en utmärkt AT-läkare av alla, trots att han bryter mot reglerna.
Senare måste Fetmannen åka iväg för en rotation med ett annat team. Roy övervakas då av en mer konventionell AT-läkare vid namn Jo, som till skillnad från Fat Man följer reglerna, men som omedvetet skadar gomerna genom att göra det. Basch överlever rotationen med Jo genom att hävda att han utför många tester och behandlingar på gomererna, medan han i själva verket inte gör någonting. Dessa patienter mår återigen bra, och Baschs rykte som en utmärkt AT-läkare upprätthålls.
Boken beskriver också den stora mängd hårt och osmakligt arbete som AT-läkarna måste utföra, de ibland dåliga arbetsförhållandena, deras brist på sömn, deras brist på tid för att umgås med vänner och familj och de känslomässiga krav som arbetet ställer.
Under loppet av romanen kräver arbetet på sjukhuset en psykologisk tribut på Basch. Hans personlighet och synsätt förändras och han får humörutbrott. Han har äktenskapsbrott med olika sjuksköterskor (som skildras mycket detaljerat) och socialarbetare (med smeknamnet ”Sociable Cervix”) och hans förhållande till flickvännen Berry blir lidande. En kollega, Wayne Potts, som ständigt hade blivit trakasserad av den övre hierarkin och förföljd av en patient (med smeknamnet ”The Yellow Man” på grund av hans fulminanta nekrotiska hepatit, som går i koma och slutligen dör, möjligen på grund av att Potts inte hade gett honom steroider), begår självmord. Basch blir mer hjärtlös och han avlivar i hemlighet en patient, en man som kallas Saul den leukemiska skräddaren, vars sjukdom hade gått i remission men som var tillbaka på sjukhuset med otrolig smärta och tiggde om döden. Basch blir mer och mer känslomässigt instabil, tills hans vänner till slut tvingar honom att gå på en mimföreställning med Marcel Marceau, där han får en upplevelse av katarsis och återfår sin känslomässiga stabilitet.
I slutet av boken visar det sig att den psykiatriska AT-läkaren Cohen har lyckats inspirera nästan hela årets grupp av AT-läkare och två vältaliga poliser, Gilheeney och Quick, att göra karriär inom psykiatrin, och att det fruktansvärda året har övertygat de flesta AT-läkare att ta emot psykiatrisk hjälp. Boken slutar med att Basch och Berry semestrar i Frankrike innan han börjar sin psykiatriska praktik, vilket också är så som boken börjar, eftersom hela boken är en flashback. Men även under semestern hemsöks Basch av dåliga minnen från Guds hus. Han är övertygad om att han inte skulle ha klarat sig igenom året utan Berry, och han ber henne gifta sig med honom.