Dr. Roy Basch intelligens, de naiv gyakornok, aki a BMS (“Legjobb orvosi iskola”) orvosi tanulmányainak befejezése után az Isten háza nevű kórházban dolgozik. Rosszul van felkészülve a fárasztó munkaidőre és a hirtelen rá háruló felelősségre a rangidős kezelőorvosok jó útmutatása nélkül. Az évet egy olyan rotációban kezdi, amelyet egy rejtélyes és ikonoklasztikus vezető rezidens felügyel, aki a Kövér ember névre hallgat. A Kövér ember megtanítja neki, hogy a betegek egészségének megőrzéséhez és a lelki túléléshez az egyetlen módja a hivatalos szabályok megszegése. A Dagadt Ember olyan bölcsességekkel látja el gyakornokait, mint a saját “Isten házának törvényei” (amelyek a könyv végére 13-at tesznek ki). Az egyik tanítása az, hogy az Isten Házában a legtöbb diagnosztikai eljárás, kezelés és gyógyszer, amit a “gomer”-nek nevezett betegek kapnak (lásd lentebb a glosszáriumot), valójában árt ezeknek a betegeknek, ahelyett, hogy segítene rajtuk. Basch meggyőződik a Kövér ember tanácsainak helyességéről, és követni kezdi azokat. Mivel követi a Kövér Ember tanácsát, és nem tesz semmit a gomereknek, azok jó egészségben maradnak. Ezért a csapatát az egyik legjobbnak ismerik el a kórházban, őt pedig mindenki kiváló gyakornoknak ismeri el, annak ellenére, hogy megszegi a szabályokat.
Később a Kövér Embernek el kell mennie egy másik csapathoz rotációra. Royt ekkor egy Jo nevű, konvencionálisabb rezidens felügyeli, aki a Kövérrel ellentétben betartja a szabályokat, de ezzel tudtán kívül árt a gombereknek. Basch úgy éli túl a Jóval való váltást, hogy azt állítja, hogy számos vizsgálatot és kezelést végez a gomereken, miközben a valóságban semmit sem tesz. Ezek a betegek ismét jól gyógyulnak, és Basch hírneve, mint kiváló gyakornok, megmarad.
A könyv részletezi azt a rengeteg nehéz, ízléstelen munkát is, amelyet a gyakornokoknak el kell végezniük, a néha rossz munkakörülményeket, az alváshiányt, a barátokkal és a családdal töltött idő hiányát, valamint a munka érzelmi igénybevételét.
A regény folyamán a kórházban végzett munka pszichésen megviseli Baschot. Személyisége és szemlélete megváltozik, és indulatkitörései vannak. Házasságtörő kalandjai vannak különböző ápolónőkkel (akiket részletesen ábrázolnak) és szociális munkásokkal (becenevén a “Társas méhnyak”), és a barátnőjével, Berryvel való kapcsolata is szenved. Egy kollégája, Wayne Potts, akit a felsőbb hierarchia folyamatosan zaklatott, és akit egy beteg (akit “A sárga ember” becenévre kereszteltek fulmináns nekrotikus hepatitise miatt, aki kómába esik, és végül meghal, valószínűleg azért, mert Potts nem adott neki szteroidokat) kísért, öngyilkosságot követ el. Basch egyre érzéketlenebbé válik, és titokban eutanáziát végez egy beteggel, egy Saul, a leukémiás szabó nevű férfival, akinek a betegsége remisszióba ment, de hihetetlen fájdalmak közepette visszatért a kórházba, és a halálért könyörgött. Basch érzelmileg egyre labilisabbá válik, míg végül barátai arra kényszerítik, hogy részt vegyen Marcel Marceau pantomimelőadásán, ahol katarzisélményben részesül, és visszanyeri érzelmi stabilitását.
A könyv végére kiderül, hogy a pszichiátria rezidensének, Cohennek sikerült a gyakornokok majdnem egész éves csoportját és két jó szavú rendőrt, Gilheeneyt és Quicket a pszichiátriai pályára ösztönöznie, és a szörnyű év a legtöbb gyakornokot meggyőzte arról, hogy pszichiátriai segítséget vegyen igénybe. A könyv azzal ér véget, hogy Basch és Berry Franciaországban nyaralnak, mielőtt a pszichiáter rezidensként kezdené meg a munkát, és ezzel kezdődik a könyv is, mert az egész könyv egy flashback. De még a nyaralás alatt is kísértik Baschot az Isten házával kapcsolatos rossz emlékek. Meg van győződve arról, hogy Berry nélkül nem bírta volna ki az évet, és megkéri a lány kezét.