ロイ・バッシュは、BMS（ベストメディカルスクール）で医学を学んだ後、神の家という病院で働く、知的だが世間知らずの研修医である。 彼は、先輩の主治医からの良い指導もなく、過酷な勤務時間と突然の責任に対しての準備が不十分である。 そんな中、彼は「太っちょ」と呼ばれる謎めいた先輩研修医の指導のもと、1年間を過ごすことになる。 彼は、患者を健康に保ち、心理的に生き残るには、公式なルールを破るしかないと教える。 ファットマンが研修医に与える知恵は、彼独自の「神の家の掟」（本書の終わりには13に及ぶ）等である。 彼の教えのひとつは、「神の家」では、「ゴーマー」（後述の用語集参照）と呼ばれる患者が受ける診断方法、治療、薬のほとんどは、実際にこれらの患者を助けるのではなく、害を与えるというものだ。 バッシュは、太っちょ男のアドバイスの正しさを確信し、それに従うようになる。 バッシュは太っちょ男のアドバイスに納得し、そのアドバイスに従うようになる。 そのため、彼のチームは病院内でもトップクラスと認められ、彼はルールを破っているにもかかわらず、皆から優秀なインターンとして認められる。
その後、ファットマンが他のチームとのローテーションに出発しなければならなくなる。 ロイはその後、ジョーという、より慣習的な研修医に指導を受けることになるが、彼はファットマンとは異なり、ルールに従うが、そうすることで無意識のうちにゴーマーを傷つけてしまう。 バッシュはジョーとのローテーションの中で、ゴマースに対して数々の検査や治療を行うと言いながら、実際には何もしないことで生き残る。
本書では、インターン生が行わなければならない膨大な量のつらく嫌な仕事、時には劣悪な労働環境、睡眠不足、友人や家族と過ごす時間の欠如、そして仕事による感情的な要求についても詳述しています。
小説の中で、病院での勤務はバッシュに精神的な負担をかける。彼の性格や考え方は変わり、気性が荒くなる。 また、看護師やソーシャル・サービス・ワーカー（「社交的な子宮頸管」の異名を持つ）と不倫関係になり、恋人ベリーとの関係も悪くなる。 同僚のウェイン・ポッツは、上層部から常に悪口を言われ、ある患者（劇症壊死性肝炎のため「黄色い男」とあだ名され、ポッツがステロイドを投与しなかったためか昏睡状態に陥り、ついには死んでしまう）に悩まされていたが、自殺する。 バッシュはさらに冷酷になり、白血病の仕立て屋ソールと呼ばれる患者を密かに安楽死させる。彼の病気は寛解期に入ったが、信じられないほどの痛みで病院に戻り、死を懇願していた。 バッシュは次第に情緒不安定になっていくが、ついに友人たちに強制されてマルセル・マルソーのマイム公演に参加し、そこでカタルシスの体験をし、情緒の安定を回復する。
この本の終わりには、精神科の研修医コーエンが、ほぼ1年間の研修生グループと、ギルヒーニーとクイックというよくしゃべる警察官2人に、精神科でのキャリアを目指すように仕向け、この恐ろしい1年間で、ほとんどの研修生が精神科の助けを受けるよう説得したことが判明しています。 本書は、バッシュが精神科の研修医になる前に、ベリーとフランスで休暇を過ごすところで終わるが、これは本書の始まりでもあり、全編がフラッシュバックになっているからである。 しかし、バカンス中も、「神の家」の悪い記憶がバッシュにつきまとう。 彼は、ベリーがいなければ、この一年を乗り切れなかったと確信し、彼女に結婚を申し込むのです
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