Omkring år 1000 f.Kr. bosatte sig stora grupper människor i detta område. Dessa var Umbrierna. De bodde i små befästa byar på högt belägna platser. Från och med 450 f.Kr. togs Umbriernas byar över av etruskerna. Sedan tog romarna kontroll över centrala Italien genom slaget vid Sentinum 295 f.Kr. De jämnade ut en del mark i terrasser (breda trappor) och byggde en stor stad vid namn Asisium på sidan av berget Subasio. Denna stad blev Assisi. I Assisi kan man fortfarande se vissa byggnader från romartiden. De inkluderar murarna, huvudpiazzan och gudinnan Minervas tempel, som nu är en kyrka som heter Santa Maria sopra Minerva.
I 238 e.Kr. blev alla människor i Assisi kristna, på grund av biskop Rufinos undervisning. Han blev martyr. Man tror att hans kropp ligger begravd under katedralkyrkan San Rufino i Assisi.
Kung Totilas östgoter förstörde större delen av staden år 545. Därefter styrdes Assisi av langobarderna, som kom från norra Italien, och sedan av de frankiska härskarna.
Under 1000-talet blev Assisi en fri stad. Men det pågick ständiga strider mellan två grupper som kallades ghibelliner och guelfer. Assisi stödde huvudsakligen ghibellinerna, men den närmaste stora staden, Perugia, stödde guelferna. Under slaget vid Ponte San Giovanni (Johannesbron) lyckades guelferna från Perugia tillfångata en ung man från Assisi. Hans namn var Francesco di Bernardone. Det var delvis på grund av sina upplevelser när han tillfångatogs som den unge Francesco bestämde sig för att han skulle byta från att vara soldat. När han återvände till sin fars hus lade han undan alla sina rikedomar och blev en fattig, vandrande predikant som uppmanade människor att vända sig till Gud och leva i fred med varandra. Han arbetade med de fattiga och de utstötta människorna. De hade ingen kyrka förutom en ruin. Franciskus och hans vänner byggde upp den lilla kyrkoruinen igen så att herdarna och andra fattiga människor kunde fira gudstjänst i den. Den kallas ”Porziuncola”. Francesco (Franciskus) grundade franciskanerorden. Han ”kanoniserades” (gjordes till helgon) år 1228 och är känd som Sankt Franciskus. Han är en av de mest populära helgonen.
En stor basilikakyrka byggdes på bergssidan för att hedra Sankt Franciskus och var vackert dekorerad med scener ur hans liv. En av de mest kända scenerna visar berättelsen om den helige Franciskus som predikar för fåglarna. År 1997 drabbades Assisi av två jordbävningar. En del av basilikans tak föll in, vilket dödade fyra personer som stod nedanför och skadade det målade taket. Många människor ”gjorde donationer” (gav pengar) för att reparera byggnaden som åter öppnades mindre än två år senare.
