În transcripția eucariotă a ARNm, semnalele terminatoare sunt recunoscute de factori proteici care sunt asociați cu ARN polimeraza II și care declanșează procesul de terminare. Odată ce semnalele poli-A sunt transcrise în ARNm, proteinele factor de specificitate a clivajului și poliadenilării (CPSF) și factor de stimulare a clivajului (CstF) se transferă de la domeniul terminal carboxilic al ARN polimerazei II la semnalul poli-A. Acești doi factori recrutează apoi alte proteine la locul respectiv pentru a cliva transcriptul, eliberând ARNm din complexul de transcripție și adăugând un șir de aproximativ 200 de repetări A la capătul 3′ al ARNm, într-un proces cunoscut sub numele de poliadenilare. În timpul acestor etape de procesare, ARN polimeraza continuă să transcrie timp de câteva sute până la câteva mii de baze și, în cele din urmă, se disociază de ADN și de transcriptul din aval printr-un mecanism neclar; există două modele de bază pentru acest eveniment, cunoscute sub numele de modelul torpedo și modelul alosteric.
Modelul torpedoEdit
După ce ARNm este completat și scindat la secvența de semnal poli-A, șirul de ARN rămas (rezidual) rămâne legat de șablonul ADN și de unitatea ARN polimerazei II, continuând să fie transcris. După această scindare, o așa-numită exonuclează se leagă de șuvița reziduală de ARN și îndepărtează nucleotidele proaspăt transcrise, una câte una (numită și „degradarea” ARN-ului), deplasându-se spre ARN polimeraza II legată. Această exonuclează este XRN2 (5′-3′ Exoribonuclează 2) la om. Acest model propune ca XRN2 să procedeze la degradarea ARN rezidual necapsulat de la 5′ la 3′ până când acesta ajunge la unitatea ARN pol II. Acest lucru face ca exonucleazei să „împingă” unitatea ARN pol II pe măsură ce trece pe lângă ea, terminând transcripția și curățând în același timp șirul rezidual de ARN.
În mod similar cu terminarea dependentă de Rho, XRN2 declanșează disocierea ARN polimerazei II fie împingând polimeraza de pe șablonul de ADN, fie trăgând șablonul în afara ARN polimerazei. Cu toate acestea, mecanismul prin care se întâmplă acest lucru rămâne neclar și a fost contestat ca nefiind singura cauză a disocierii.
Pentru a proteja ARNm transcris de degradarea de către exonuclează, un capac 5′ este adăugat la catenă. Aceasta este o guanină modificată adăugată în partea din față a ARNm, care împiedică exonucleaza să se lege și să degradeze șirul de ARN. O coadă de poli(A) 3′ este adăugată la capătul șirului de ARNm pentru a fi protejată și de alte exonucleaze.
Model alostericEdit
Modelul alosteric sugerează că terminarea are loc datorită modificării structurale a unității ARN polimerazei după legarea sau pierderea unora dintre proteinele asociate, ceea ce o face să se detașeze de șirul de ADN după semnal. Acest lucru ar avea loc după ce unitatea ARN pol II a transcris secvența de semnal poli-A, care acționează ca un semnal de terminare.
ARN polimeraza este în mod normal capabilă să transcrie eficient ADN în ARNm monocatenar. Cu toate acestea, la transcrierea peste semnalele poli-A de pe șablonul de ADN, este indusă o schimbare de conformație în ARN polimeraza din cauza pierderii propuse a proteinelor asociate din domeniul său carboxil terminal. Această schimbare de conformație reduce procesivitatea ARN polimerazei, ceea ce face ca enzima să fie mai predispusă la disocierea de substratul său ADN-ARN. În acest caz, terminarea nu este finalizată prin degradarea ARNm, ci este mediată prin limitarea eficienței de alungire a ARN-polimerazei și, astfel, prin creșterea probabilității ca polimeraza să se disocieze și să își încheie ciclul curent de transcripție.
.