TAIR – Despre Arabidopsis

Despre Arabidopsis

• Rezumat
• Istoria Arabidopsis thaliana
• Nume comune pentru o buruiană neobișnuită.
• Distribuția geografică a ecotipurilor și istoria unor tulpini favorite de „laborator”.
• Stadiile de creștere a Arabidopsis și cronologie a evenimentelor
• 101 moduri de a cultiva Arabidopsis
• Rolul și importanța Arabidopsis ca organism model
• Instantaneu al genomului
• Cărți despre Arabidopsis și metode în cercetarea Arabidopsis
• Timeline of major events in Arabidopsis research

Rezumat Arabidopsis thaliana este o mică plantă cu flori care este utilizată pe scară largă ca organism model în biologia vegetală. Arabidopsis este membră a familiei muștarului (Brassicaceae), care include specii cultivate, cum ar fi varza și ridichea. Arabidopsis nu are o importanță agronomică majoră, dar oferă avantaje importante pentru cercetarea de bază în domeniul geneticii și al biologiei moleculare. Faceți clic pe linkul către NCBI’s Taxonomy Browser pentru a vizualiza taxonomia Arabidopsis sau pentru a vizualiza Brassicaceae. De asemenea, este disponibilă o intrare în Wikipedia. Câteva statistici utile: Genomul mic (114,5 Mb/125 Mb total) a fost secvențiat în anul 2000 (SequenceViewer, AGI). Hărți genetice și fizice extinse ale tuturor celor 5 cromozomi (MapViewer). Un ciclu de viață rapid (aproximativ 6 săptămâni de la germinare până la sămânța matură). Producție prolifică de semințe și cultivare ușoară în spații restrânse. Metode eficiente de transformare prin utilizarea Agrobacterium tumefaciens. Un număr mare de linii mutante și resurse genomice, dintre care multe sunt disponibile la centrele de stocare. Comunitate de cercetare multinațională formată din laboratoare academice, guvernamentale și industriale. Aceste avantaje au făcut din Arabidopsis un organism model pentru studiile privind biologia celulară și moleculară a plantelor cu flori.TAIR colectează și pune la dispoziție informațiile rezultate din aceste eforturi.Vedere Arabidopsis thaliana Istoria Arabidopsis thaliana ca organism de cercetare. „Arabidopsis thaliana a fost descoperită de Johannes Thal (de aici, thaliana) în munții Harz în secolul al XVI-lea, deși el a numit-o Pilosella siliquosa (și de atunci a trecut prin mai multe schimbări de nume). Cel mai timpuriu raport despre un mutant (din câte știu eu) a fost în 1873 (de către A. Braun). F. Laibach a rezumat pentru prima dată potențialul Arabidopsis thaliana ca organism model pentru genetică în 1943 – totuși, a lucrat la ea mult mai devreme, publicând numărul său corect de cromozomi în 1907. Prima colecție de mutanți induși a fost realizată de studentul lui Laibach, E. Reinholz. Teza ei a fost prezentată în 1945, iar lucrarea a fost publicată în 1947. Langridge a jucat un rol important în stabilirea proprietăților și a utilității organismului pentru studii de laborator în anii 1950, la fel ca Rédei și alții (cum ar fi J.H. van der Veen în Olanda, J. Veleminsky în Cehoslovacia și G. Röbbelen în Germania) în anii 1960. Una dintre numeroasele contribuții importante ale lui Rédei a fost aceea de a scrie recenzii academice despre Arabidopsis, una deosebit de amănunțită fiind publicată în Bibliographica Genetica vol. 20, nr. 2, 1970, pp. 1- 151. A scris una mai ușor de găsit în Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9,111-127. Ambele trec în revistă o parte din istoria timpurie a utilizării Arabidopsis în laborator, deși cea mai lungă din 1970 are toate detaliile.”

–de la Elliot Meyerowitz, 1998

Denumiri comune pentru Arabidopsis Conform lui Redei, GP. (1992) A heuristic glance at the past of Arabidopsis genetics (O privire euristică asupra trecutului geneticii Arabidopsis). În Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Engleză: Wall cress; mouse-ear cress German: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Franceză: arabette rameuse, arabette des dames Spaniolă: arabide Olandeză: zandraket Daneză: gåsemad Norvegiană: vårskrinneblom Maghiară: lúdfü Poloneză: rzodkiewnik Japoneză: rzodkiewnik: shiro-inu-nazuna Arabidopsis Ecotipurile și distribuția geografică a Arabidopsis Peste 750 de accesiuni naturale de Arabidopsis thaliana au fost colectate din întreaga lume și sunt disponibile la cele două mari centre de stocare a semințelor, ABRC și NASC. Aceste accesiuni sunt destul de variabile în ceea ce privește forma și dezvoltarea (de exemplu, forma frunzelor, pilozitatea) și fiziologia (de exemplu, timpul de înflorire, rezistența la boli). Cercetătorii din întreaga lume folosesc aceste diferențe dintre accesiunile naturale pentru a descoperi interacțiunile genetice complexe, cum ar fi cele care stau la baza răspunsurilor plantelor la mediu și a evoluției trăsăturilor morfologice. Deși este posibil ca multe colecții de accesiuni naturale să nu corespundă unei definiții stricte a unui ecotip, acestea sunt denumite în mod obișnuit ecotipuri în literatura științifică. Imagine PNG a distribuției la nivel mondial (1993, de la Jonothan Clarke).Această figură a fost realizată de Jonathan Clarke pentru teza sa de doctorat (1993) cu Caroline Dean la Norwich, Marea Britanie. Această hartă a fost realizată pe baza unei hărți originale a lui George Redei (1969), adică redesenată. Hartă mondială care arată distribuția geografică (longitudine, latitudine, altitudine) a peste 30 de ecotipuri de Arabidopsis. Această imagine ne-a fost pusă la dispoziție cu amabilitate de către Universitatea din Toronto și este, de asemenea, disponibilă ca hartă interactivă pe site-ul lor http://www.bar.utoronto.ca/ Harta de distribuție a Arabidopsis în SUA din USDA’s Plants Database.Pentru a vizualiza harta în mod interactiv (făcând clic pe legăturile dintre state pentru a vedea distribuția la nivel de județ) și pentru a vedea alte date, accesați site-ul Plants Database și introduceți o interogare pentru denumirea științifică =Arabidopsis thaliana. Urmați linkurile pentru a vizualiza distribuția și alte linkuri. Informații despre originea ecotipurilor utilizate frecvent (Landsberg erecta, Columbia și Wassilewskija de la NASC. Etapele de creștere și cronologia Arabidopsis Tabel cronologic al etapelor de creștere determinate pentru ecotipul Arabidopsis Columbia-O din Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Vizualizați un film cronologic al unei semințe de Arabidopsis în germinare, de la 0 la 65 de ore după plantare. Ecotipul este Col-0, imaginile au fost capturate la fiecare 10 minute. Acest film Quicktime a fost pus la dispoziția TAIR cu amabilitate de către Dr. Ronny Joosen (Universitatea Wageningen). Urmăriți un filmuleț time lapse care arată creșterea Arabidopsis de la 4 zile după plantare (dap) la 22 dap. Plantele Columbia au fost cultivate în lumină constantă într-o cameră de creștere; imaginile au fost capturate la fiecare treizeci de minute. Acest filmuleț Quicktime de 65 MB acoperă evenimentele de la germinare până la răsărire. Videoclipul original a fost furnizat cu amabilitate către TAIR de către Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) și a fost portat în format Quicktime. Puteți descărca Quicktime aici. Informații despre Arabidopsis ca organism genetic model Arabidopsis ca plantă model: raport de la NSF și MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project (Arabidopsis – Un proiect privind genomul plantelor), unul dintre cele 50 de proiecte Nifty50 ale Fundației Naționale pentru Știință, SUA. Cărți despre Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel și Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Un manual de laborator complet și detaliat pentru Arabidopsis, care include secțiuni privind creșterea plantelor, analiza genetică, proteomica și genomica. The Arabidopsis Book Chris Somerville și Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Un compendiu dinamic, bazat pe internet, al biologiei Arabidopsis. Capitolele la care au contribuit experți în domeniile lor sunt disponibile online și gratuit ca documente în format PDF (Portable Document Format). Arabidopsis : O abordare practică. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, Marea Britanie. Mai multe protocoale și metode Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson și Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, SUA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, eds. CSHL Press, New York, SUA. O trecere în revistă destul de cuprinzătoare a Arabidopsologiei Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. John L. Bowman. Springer-Verlag, Berlin & New York. Imagini și descrieri ale plantelor normale și mutante de Arabidopsis Methods in Arabidopsis research. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protocoale și metode pentru cercetătorii Arabidopsis Timeline 2005: Prima versiune a TAIR Genome (versiunea TAIR 6.0, noiembrie 2005). 2004: Versiunea finală TIGR Genome (versiunea TIGR 5.0, martie 2004). 2003: Versiunea TIGR 4.0 Genom (iunie 2003). 2001: Accent sporit pe genomica funcțională și comparativă, programul NSF2010. 2000: Finalizarea secvenței genomului. 1999: Chipsuri ADN și microplăci disponibile . 1999: Secvențierea cromozomilor II și IV . 1998: Arabidopsis apare în ediția Science dedicată genomului . 1997: Se finalizează hărțile fizice ale tuturor cromozomilor. 1996: Inițiativa privind genomul Arabidopsis este organizată. 1995: Construirea bibliotecilor standard BAC și P1. 1994: Au fost inițiate eforturile de secvențiere a ADNc. 1993: S-a stabilit transformarea de înaltă eficiență. 1992: A fost publicată prima plimbare a cromozomului. 1991: înființarea centrelor de stocare și a bazei de date. 1990: Inițierea proiectului genomului Arabidopsis. 1989: A fost clonată prima genă mutantă marcată cu T-DNA. 1988: A fost publicată prima hartă cromozomială RFLP. 1988: A fost înființat grupul de știri electronic Arabidopsis. 1986: Se publică primele secvențe de gene Arabidopsis. 1986: Se raportează transformarea cu Agrobacterium 1985: Promovată pentru prima dată ca model pentru genetica moleculară. 1984: Mărimea și complexitatea genomului sunt caracterizate. 1983: A fost publicată prima hartă genetică detaliată. 1980: Interes sporit pentru utilizarea Arabidopsis în studiul biochimiei, fiziologiei și dezvoltării plantelor. 1976: A doua conferință internațională privind Arabidopsis. 1970: A fost publicat primul articol de sinteză important. 1965: Prima conferință internațională privind Arabidopsis. 1964: A fost publicat primul buletin informativ Arabidopsis.