Deși presa egipteană era mai liberă decât fusese în timpul lui Nasser sau Sadat, Mubarak a introdus în 1995 o lege care prevedea pedeapsa cu închisoarea pentru jurnaliștii sau liderii de partid care publicau știri care aduceau prejudicii unui oficial guvernamental. Presiunea populară a determinat Adunarea să reducă legea, care a fost în cele din urmă anulată de Curtea Constituțională a Egiptului. Cu toate acestea, cenzura tot mai mare din partea instanțelor islamice și a rectorului Universității al-Azhar a temperat libertatea de exprimare și a presei la sfârșitul secolului XX și începutul secolului XXI.
În lupta sa împotriva terorismului islamist, regimul lui Mubarak a recurs la detenție preventivă și, se presupune, la tortură. La rândul lor, teroriștii egipteni au asasinat mai mulți miniștri guvernamentali, aproape l-au ucis pe Mubarak însuși în Addis Abeba, Etiopia, în 1995, și au împușcat turiști în apropierea celor mai faimoase monumente din Egipt – inclusiv un atac deosebit de violent la Luxor în 1997. Un islamist de frunte, șeicul ʿUmar ʿAbd al-Raḥmān, a fugit în Statele Unite, unde a luat parte la un atac cu camion-capcană din 1993 asupra World Trade Center din New York, fiind ulterior condamnat la închisoare pe viață pentru această crimă și pentru conspirație în vederea comiterii altor atacuri. Un alt lider islamist, un pediatru cairinean pe nume Ayman al-Zawahiri, a fugit în Afganistan, unde i-a condus pe membrii EIJ să se alăture organizației teroriste transnaționale al-Qaeda. În ciuda inițiativelor guvernului de a controla problema, terorismul intern rămâne o amenințare la adresa stabilității Egiptului.
Câteva probleme sociale și economice fie au provenit din sau au fost exacerbate de implicarea Egiptului în Războiul din Golful Persic (1990-91) de partea coaliției conduse de SUA. Trupele egiptene au luat parte la conflict, la fel ca și soldații din multe țări arabe. Deși Egiptul a fost recompensat pentru participarea sa prin iertarea miliardelor de dolari pe care le datora pentru achiziționarea de arme din Occident, mulți muncitori egipteni expatriați și-au pierdut locurile de muncă în Irak din cauza invaziei Kuweitului de către această țară. De asemenea, speranțele Egiptului că antreprenorii săi vor câștiga licitații pentru a ajuta la reconstrucția Kuweitului după război au fost dezamăgite, iar un plan de a staționa trupe egiptene și siriene ca pacificatori în regiune a fost respins de statele din Golful Persic. Poate de înțeles, egiptenii cu probleme financiare au început să aibă resentimente față de saudiții bogați, kuweitienii și alți arabi din Golf care își petreceau adesea vacanțele jucând la jocurile de noroc în hotelurile de lux din Cairo.
Publicul egiptean a devenit, de asemenea, sceptic față de eforturile continue ale președinților americani succesivi și ale propriului lor președinte de a promova pacea între Israel și alte țări arabe și, în special, cu palestinienii. Într-o economie globală în schimbare, a existat o suspiciune populară că astfel de încercări de promovare a unor relații mai bune ar putea avea un motiv ascuns. În special, mulți egipteni se temeau de o posibilă încercare a SUA și a Israelului de a manipula industriile egiptene, în special din moment ce tehnologia informatică și tehnologia informației – ambele dependente în mare măsură de Occident pentru a le obține și a le utiliza – au devenit mai vitale pentru creșterea economică. Cu toate acestea, începând din 2004, extinderea conectivității la internet a țării a ocupat un loc deosebit de important pe agenda economică a prim-ministrului egiptean, Ahmad Nazif, el însuși inginer informatician.
De fapt, angajamentul lui Mubarak față de dezvoltarea internă a fost evident în alegerea de către acesta a trei planificatori economici succesivi pentru a ocupa funcția de prim-ministru în anii 1990. Și, deși Egiptul devenea din ce în ce mai sofisticat din punct de vedere economic, o făcea cu un preț ridicat. Independența sa era limitată de intervenția creditorilor internaționali, cum ar fi FMI, iar o disparitate tot mai mare în ceea ce privește veniturile și accesul la resurse tensiona relațiile dintre cetățenii săi bogați și cei săraci, contribuind, de asemenea, la erodarea unității dintre musulmani și copți. În timp ce unii musulmani îi acuzau pe copți că servesc drept agenți ai puterilor străine și că controlează economia Egiptului, unii copți îi acuzau pe musulmani că distrug bisericile și că îi obligă pe creștinii egipteni să se convertească la islam. Deși atât egiptenii musulmani, cât și cei creștini au făcut, în cea mai mare parte, un efort de a-și minimiza public diferențele pentru a-și menține unitatea națională, dezvoltarea rapidă și inegală a reprezentat, în cele din urmă, o amenințare pentru conducerea politică și culturală a Egiptului în lumea arabă.
Arthur Eduard Goldschmidt
Tensiunile interne au crescut pe măsură ce regimul Mubarak a continuat să suprime opoziția, arestând liderii disidenți și restricționând exprimarea politică. Au fost observate nereguli pe scară largă la alegerile legislative din noiembrie 2010, pe care PND le-a câștigat în mod covârșitor, eliminând efectiv partidele de opoziție din Adunarea Populară.
.