Asocierea dintre migrenă și tulburările gastrointestinale funcționale a fost confirmată de numeroase observații clinice și studii epidemiologice. La majoritatea pacienților în timpul crizelor de migrenă, în afară de diverse simptome neurologice și vasculare, apar tulburări gastrointestinale, inclusiv greață, vărsături, dureri abdominale sau diaree. Tulburările gastrointestinale funcționale, cum ar fi sindromul de colon iritabil (IBS), sunt raportate la pacienții cu migrenă și în perioadele dintre crize. Pe de altă parte, 23-53% dintre pacienții cu SII au dureri de cap frecvente. Migrena și SII coexistă adesea cu fibromialgia și alte sindroame de durere cronică și tulburări funcționale. Migrena și SII afectează aproximativ 10-20% din populația generală, de obicei adulți tineri. Ambele boli sunt mai răspândite la femei, poate din cauza rolului estrogenului în patogeneza lor. În căutarea mecanismelor patogenetice comune ale SII și migrenei se ia în considerare rolul axei creier-intestin, al interacțiunilor neuroimune și neuroendocrine. Influența stresului asupra apariției și severității simptomelor pare să fie asociată cu hiperactivitatea axei hipotalamo-hipofizo-suprarenale. Sistemul nervos enteric, ca sursă a numeroși neurotransmițători și reflexe viscerale, este o verigă patogenică comună plauzibilă între SII și migrenă. În special serotonina, care este principalul neurotransmițător al tractului gastrointestinal, joacă un rol important în patogeneza SII și a migrenei. În prezent, agoniștii și antagoniștii receptorilor serotoninergici sunt cele mai eficiente medicamente pentru terapia SII și a migrenei. Unele efecte secundare ale triptanilor, agoniști ai 5-HT(1B/D), utilizați în tratamentul migrenei, pot fi legate de influența triptanilor asupra funcțiilor gastrointestinale. O mai bună înțelegere a relației dintre migrenă și SII poate duce la un tratament mai eficient al ambelor boli.