Episcop auxiliar de DenverEdit
La 23 ianuarie 2001, Papa Ioan Paul al II-lea l-a numit pe Gómez episcop auxiliar al Arhidiecezei de Denver și episcop titular de Belali. El a primit consacrarea episcopală la 26 martie de la Arhiepiscopul Charles J. Chaput, O.F.M. Cap., avându-i ca și co-consecratori pe episcopii Joseph Fiorenza și Javier Echevarría Rodríguez. Și-a ales ca motto episcopal „Adeamus cum fiducia ad thronum gratiae”, ceea ce înseamnă „Să ne apropiem cu încredere de tronul harului” (Evrei 4:16). A fost primul membru numeric al Opus Dei care a fost consacrat episcop în Statele Unite. În calitate de episcop, nu mai este membru al acestei organizații, deoarece se subordonează papei și, prin urmare, nu răspunde în fața prelatului responsabil de Opus Dei. Gomez a declarat că nu este un „membru” al Opus Dei, ci mai degrabă că a fost hirotonit preot în Opus Dei și că spiritualitatea sa reflectă acest trecut.
Gómez a fost rector al Catedralei Immaculatei Concepții din Denver din 2001 până în 2003. Apoi a fost atât moderator al curiei, cât și pastor al Bisericii Maica Domnului.
Arhiepiscop de San AntonioEdit
Gómez a fost numit Arhiepiscop de San Antonio la 29 decembrie 2004. În 2005 a fost numit de Time unul dintre cei mai influenți 25 de hispanici din Statele Unite, iar în 2007 a fost inclus pe lista CNN a „Hispanicilor remarcabili” într-o emisiune specială pe internet care sărbătorea Luna moștenirii hispanice. În 2006, arhiepiscopul Gomez a introdus oficial Fundația Comunitară Catolică pentru Biserica Romano-Catolică din Arhidieceza de San Antonio. În 2007, el a avut un rol esențial în reunirea liderilor hispanici și a episcopilor catolici pentru crearea Asociației Catolice a Liderilor Latini (CALL).
În timpul mandatului său în San Antonio, Gómez și-a câștigat reputația de lider ortodox care a inversat unele dintre inițiativele cu înclinații mai liberale din dieceză. El a desființat Comisia de Justiție și Pace a cancelariei după ce membrii acesteia și-au exprimat opoziția față de sprijinul său pentru un amendament constituțional de stat care interzicea căsătoriile între persoane de același sex. În timpul alegerilor prezidențiale din 2008, el și-a exprimat în mod public îngrijorarea atunci când Universitatea St. Mary’s, cea mai veche universitate catolică din Texas, a permis candidatului pro-avort Hillary Clinton să organizeze un eveniment de campanie în campus. El și-a exprimat, de asemenea, îngrijorarea atunci când o altă universitate catolică, Universitatea Our Lady of the Lake, a permis unei călugărițe de profil înalt, despre care unii susțin că susține hirotonirea femeilor, să fie vorbitor principal la un eveniment. El a salutat Summorum Pontificum, care a acordat o mai mare libertate Liturghiei tridentine, spunând că va păstra „bogata moștenire și moștenire a Bisericii”.
Este membru al Comisiei Pontificale pentru America Latină din cadrul Curiei Romane și al Consiliului de Administrație de la Universitatea Catolică din America. În calitate de membru al Conferinței Episcopilor Catolici din Statele Unite, este președinte al Subcomitetului pentru Biserica din America Latină; în această din urmă calitate, a condus o delegație de trei episcopi în Haiti pentru a evalua situația din această țară după cutremurul din 2010. De asemenea, este președinte ales al Comitetului pentru migrație, președinte al Grupului de lucru pentru Biblia în limba spaniolă și membru al Comitetului pentru doctrină.
Arhiepiscop de Los AngelesEdit
La 6 aprilie 2010, Gómez a fost numit arhiepiscop coadjutor al Arhidiecezei de Los Angeles de către Papa Benedict al XVI-lea. Arhidieceza din Los Angeles este cea mai mare dieceză catolică din țară, hispanicii reprezentând mai mult de două treimi din cei cinci milioane de catolici ai arhidiecezei. Gómez i-a succedat cardinalului Mahony la 1 martie 2011, iar ceremonia de tranziție a avut loc la 27 februarie 2011. El este primul hispanic care ocupă funcția de arhiepiscop de Los Angeles, precum și episcopul hispanic cu cel mai înalt rang din Statele Unite. El a declarat: „Îi sunt foarte recunoscător Sfântului Părinte pentru că mi-a oferit această oportunitate de a sluji Biserica alături de un mentor și lider precum cardinalul Roger Mahony. Îi sunt recunoscător Nunțiului Apostolic, Arhiepiscopul Pietro Sambi, pentru că a sprijinit încrederea Sfântului Părinte în mine. Voi încerca din toate puterile mele să câștig această încredere.”
Considerat conservator din punct de vedere teologic, Gómez este văzut, de asemenea, ca „un conciliator înnăscut, admirat pentru că i-a unit pe catolicii bogați și săraci și pe cei anglo și hispanici”. El este considerat mai conservator decât predecesorul său, cardinalul Mahony. Cu toate acestea, abordând această convingere, Mahony a declarat că „aceste etichete de „conservator” și „liberal” sunt cu adevărat nefolositoare în viața bisericii” și „pot să atest că amândoi împărtășim un angajament comun față de Hristos și față de Biserică și că amândoi suntem interesați să promovăm pe deplin învățăturile Bisericii, precum și să aducem cuvintele și exemplul lui Hristos în societatea și lumea de astăzi”. Gomez a mai spus că ar fi greșit ca observatorii să concluzioneze că este un conservator pentru că este preot al Opus Dei.
La 18 septembrie 2012, Papa Benedict al XVI-lea l-a numit pe arhiepiscopul Gómez unul dintre Părinții Sinodali pentru cea de-a 13-a Adunare Generală Ordinară a Sinodului Episcopilor privind Noua Evanghelizare din octombrie 2012.
La 24 noiembrie 2012 a fost numit membru al Consiliului Pontifical pentru Comunicații Sociale.
La 31 ianuarie 2013, Gomez a declarat că Cardinalul Roger Mahony, Arhiepiscop Emerit, „nu va mai avea nicio sarcină administrativă sau publică” pentru Arhiepiscopia din Los Angeles. Anunțul a fost făcut în momentul în care Gomez și-a dezvăluit dosarele legate de abuzurile sexuale ale clerului. El a spus: „Nu am avut nicio problemă: „Consider că aceste dosare sunt o lectură brutală și dureroasă. Comportamentul descris în aceste dosare este teribil de trist și rău. Nu există nicio scuză, nicio explicație pentru ceea ce li s-a întâmplat acestor copii. Preoții implicați au avut datoria de a le fi părinți spirituali și au eșuat. Trebuie să recunoaștem astăzi acest eșec teribil.”
Sub conducerea lui Gómez și cu binecuvântarea sa, Fundația Regina Îngerilor, o asociație publică a credincioșilor de drept canonic fondată de Mark Anchor Albert, a reînviat din 2011 obiceiul, devenit caduc, de a sponsoriza o procesiune mariană și o Liturghie votivă în comemorarea fondării orașului Los Angeles la 4 septembrie 1781. Din 2012, Gómez a fost celebrantul principal al acestei slujbe anuale în onoarea Nuestra Señora de los Ángeles (Doamna noastră a îngerilor), patroana și omonimă a orașului și a comitatului Los Angeles.
Vineri, 14 noiembrie 2014, în timpul reuniunii de toamnă a Conferinței Episcopilor Catolici din Statele Unite ale Americii, Arhiepiscopul Gomez a fost ales pentru a fi unul dintre delegații la Sinodul Mondial al Episcopilor pentru Familie din 2015, în așteptarea aprobării Vaticanului.
La 15 noiembrie 2016, a fost ales vicepreședinte al USCCB, iar la 12 noiembrie 2019, a fost ales președinte al USCCB. El este primul episcop latino-american care a ocupat vreodată această funcție.
.