St. John’s a fost fondată în 1887 de către episcopul de Kansas, Elisha Thomas, ca un internat episcopal pentru băieți cu vârste cuprinse între 8 și 18 ani; a fost precedată de Phillips Military School, care a fost înființată de colonelul William Phillips, un fondator al orașului Salina. Trupa 1 din Salina, una dintre cele mai vechi trupe de cercetași din America, a fost organizată la 21 ianuarie 1910, de către F. John Romanes, un instructor de la St. John’s care se pare că îl cunoștea pe Lordul Baden-Powell, fondatorul britanic al cercetașilor, și care a fondat, de asemenea, cercetașii din Colorado Springs, Colorado. Clădirea originală a școlii, Vail Hall, a fost finalizată în 1888 și extinsă în 1904; a fost distrusă de un incendiu în noiembrie 1978. Din 1979, ceremonia anuală de absolvire include o trecere tradițională în jurul mânerului ușii de la ușa din față a clădirii, recuperat din rămășițele incendiului.
Școala a fost folosită la filmarea filmului Up the Academy, o parodie a revistei Mad despre internatele militare. Filmul din 1980 a fost filmat în întregime în Salina, în mare parte în campusul școlii.
O gamă largă de reclamații de abuz au fost depuse împotriva St. John’s într-un proces federal în martie 2012. O plângere modificată a fost depusă de șase seturi de părinți în numele unor cadeți din California, Florida, Tennessee, Colorado, Texas și Illinois. Procesul a fost soluționat cu termeni nedezvăluiți în martie 2014, chiar înainte ca procesul să înceapă. Potrivit înregistrărilor din instanță, până în iunie 2012, St. John’s a soluționat paisprezece procese anterioare legate de abuzuri, intentate începând cu 2006. un raport din martie 2013 a constatat că au fost 339 de plângeri de bătăi, hărțuiri, hărțuiri și abuzuri pe parcursul a cinci ani, inclusiv de studenți care au fost marcați. În decembrie 2018, St. John’s a fost obligat de un arbitru să plătească 369.175 de dolari familiei unui elev care avea 11 ani în 2014 când a fost hărțuit și sodomizat de un alt elev; arbitrul a constatat că, pe lângă gestionarea inadecvată și necorespunzătoare a elevilor, școala a relaxat standardele de admitere ca răspuns la scăderea numărului de înscrieri.
.