Un exemplu timpuriu de hipogeu se găsește în situl minoic din epoca bronzului de la Knossos din Creta. Hogan notează că această boltă subterană avea forma unui stup și era tăiată în roca moale. Hipogeul Ħal Saflieni Hypogeum din Paola, Malta, este cel mai vechi exemplu de hipogeu preistoric, cea mai veche fază datând din anii 3600-3300 î.Hr. este un complex de camere, săli și pasaje subterane care acoperă aproximativ 500 m2 pe trei niveluri, parțial sculptate pentru a imita arhitectura templelor și care conține o vastă artă preistorică. În Larnaka, Cipru – mormântul Lefkaritis a fost descoperit în 1999.
Hipoge au fost descoperite și în Egiptul dinastic, cum ar fi la piramida Mazghuna de Nord, piramida Mazghuna de Sud și piramida Saqqara de Sud Sud. Ipogeele din Palmira antică conțineau lăcașuri închise cu lespezi purtând reliefuri cu portrete sculptate și sarcofage cu scene de banchet familial sculptate pe capacele lor.
Creștinii de mai târziu au construit sanctuare, cripte și morminte subterane similare, pe care le-au numit catacombe. Dar aceasta a fost doar o diferență de nume, mai degrabă decât de scop și ritualuri, iar cercetările arheologice și istorice arată că ele erau efectiv aceleași. Werner Jacobsen a scris:
Ca și alți romani ambițioși, sfinții-episcopi din secolele al III-lea și al IV-lea au fost de obicei înmormântați în hipogeele din cimitirele din afara zidurilor orașelor lor; adesea doar miracolele de la mormintele lor i-au determinat pe succesorii lor să adopte modele mai moderne. În Dijon, sfântul și episcopul Benignus (d. c. 274) a fost înmormântat într-un sarcofag mare, într-un mormânt cu cameră din cimitirul roman. În secolul al VI-lea, mormântul căzuse de mult în ruină și era considerat păgân, chiar și de către episcopul Grigore de Langres.