ApE este un editor de secvențe brevetat care utilizează un format GenBank modificat pentru salvarea secvențelor. Software-ul poate fi utilizat pentru asamblarea urmelor de secvențiere, digestări virtuale, adnotarea secvențelor și reprezentarea schematică a secvențelor. A fost creat și este întreținut de Wayne Davis de la Universitatea din Utah. Versiunea stabilă actuală, din iunie 2010, este 1.17, iar software-ul rulează pe Windows, Mac și Unix. Software-ul este gratuit, dar donațiile sunt încurajate.
Caracteristici
OS, format de date
- funcționează pe Windows, OS X și Linux/Unix
- importă DNA Strider, Fasta, Genbank, urme de secvențe EMBL și ABI
- salvează datele într-un format de fișier Genbank modificat (compatibil cu DNA Strider)
- exportă tabelul de caracteristici BankIt pentru transmiterea secvențelor către NCBI GenBank
- exportă fișiere grafice de diagrame de secvență
Marcare și instrumente de secvență
- pre-tabele de caracteristici expandabile existente care pot fi utilizate pentru adnotarea automată
- cercetarea secvențelor, e.ex. pentru primeri, sonde sau situsuri de restricție
- marcare a situsurilor de restricție și a regiunilor în secvență și într-un desen animat simplu
- afișează traducerea, Tm, %GC, ORF a ADN-ului selectat
- BLAST secvența selectată la NCBI sau wormbase
- digest virtual, inclusiv diagrama de gel
Autorul este foarte receptiv și a integrat o opțiune de export BankIt, sugerată de mine, în câteva zile. –JS 05:50, 30 iunie 2010 (EDT)
Există o eroare gravă care afectează funcția de aliniere în versiunile recente ale ApE (am întâlnit-o cel puțin în 2.0.39 – 2.0.45, poate afecta toate versiunile 2.0.X?) lansate în ultimele ~12 luni, inclusiv în versiunea actuală (2.0.45). În unele cazuri în care secvențele diferă printr-o singură pereche de baze indel, alinierea produsă de ApE este incorectă, iar reziduurile nepotrivite nu sunt evidențiate cu roșu, așa cum era de așteptat. Acest lucru poate face ca, atunci când se verifică datele de secvențiere în raport cu secvența așteptată, să fie foarte ușor să nu se observe mici ștergeri. Acest lucru ar trebui să fie corectat în versiunea 2.0.46, care urmează să fie lansată. Consultați raportul de eroare aici („Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Utilizați cu prudență! –Damian Ekiert 12:19, 22 februarie 2013 (EST). Versiunea curentă, v2.0.46, nu are această problemă, spune raportul de eroare — JM 9/2013
Links to the ApE homepage
- ApE plasmid editor homepage & downloads
- ApE wiki for question, answers, feature requests, bug reports, etc.
- descărcați cele mai recente versiuni de previzualizare (alphas)
Vezi și
- Recenzie ApE la softpedia
- Un tutorial OWWW folosind ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware pentru Mac
- Analiză de secvențe
.