Prolina are multe proprietăți comune cu grupul alifatic.
Prolina NU este formal un aminoacid, ci un iminoacid. Cu toate acestea, este numit un aminoacid. Amina primară de pe carbonul α al semialdehidei glutamatului formează o bază Schiff cu aldehida, care este apoi redusă, dând prolina.
Când prolina se află într-o legătură peptidică, ea nu are un hidrogen pe gruparea α amino, deci nu poate dona o legătură de hidrogen pentru a stabiliza un helix α sau o foaie β. Se spune adesea, în mod inexact, că prolina nu poate exista într-un helix α. Atunci când prolina se găsește într-un helix α, helixul va avea o ușoară curbură din cauza lipsei legăturii de hidrogen.
Prolina se găsește deseori la capătul α helixului sau în viraje sau bucle. Spre deosebire de alți aminoacizi care există aproape exclusiv în forma trans în polipeptide, prolina poate exista în configurația cis în peptide. Formele cis și trans sunt aproape izoenergetice. Izomerizarea cis/trans poate juca un rol important în plierea proteinelor și va fi discutată mai mult în acest context.
Prolina este singurul aminoacid ciclic.
.