Toată zona care este acum Allston a făcut parte din Brighton. În 1807, orașul s-a separat de Cambridge. Allston nu a existat niciodată ca o entitate politică separată de sine stătătoare. Orașul Brighton a fost anexat la orașul Boston în 1874. În 1868, un nou oficiu poștal și o nouă linie de cale ferată au fost create în partea de vest a orașului Brighton. Ei au fost numiți Allston, după Allston Washington, un pictor care a trăit și a lucrat dincolo de râul Charles, în secțiunea Cambridgeport din Cambridge.
Allston a prosperat rapid prin creșterea vitelor și construcția căii ferate. Cu toate acestea, creșterea animalelor a luat sfârșit la mijlocul secolului al XX-lea. Allston este cunoscută ca fiind una dintre puținele comunități din Statele Unite care poartă numele unui artist.
Boston Patriots (acum New England Patriots) din Liga Națională de Fotbal a jucat un sezon în Allston (în 1970), pe stadionul Harvard. Boston Braves a jucat pe Braves Field (în prezent Nickerson Field al Universității Boston) din 1915 până în 1952.