Omstreeks 1000 v.Chr. vestigden zich grote groepen mensen in dit gebied. Dit waren de Umbriërs. Zij woonden in kleine versterkte dorpen op hoge grond. Vanaf 450 v. Chr. werden de dorpen van de Umbriërs overgenomen door de Etrusken. Vervolgens namen de Romeinen de controle over Midden-Italië over door de Slag bij Sentinum in 295 v.Chr. Zij egaliseerden een deel van het land in terrassen (brede trappen) en bouwden een grote stad genaamd Asisium aan de kant van de berg Subasio. Deze stad werd Assisi. In Assisi zijn nog enkele gebouwen uit de Romeinse tijd te zien. Daartoe behoren de muren, de grote piazza, en de tempel van de godin Minerva, die nu een kerk is met de naam Santa Maria sopra Minerva.
In 238 na Chr. werden alle inwoners van Assisi christen, vanwege het onderwijs van bisschop Rufino. Hij werd gemarteld. Men gelooft dat zijn lichaam begraven ligt onder de Domkerk van San Rufino in Assisi.
De Ostrogoten van koning Totila verwoestten het grootste deel van de stad in 545. Daarna werd Assisi geregeerd door de Longobarden, die uit het noorden van Italië kwamen, en vervolgens door de Frankische heersers.
In de 11e eeuw (jaren 1000), werd Assisi een vrije stad. Maar er werd voortdurend gevochten tussen twee groepen, de Ghibellijnen en de Welfen. Assisi steunde vooral de Ghibellijnen, maar de dichtstbijzijnde grote stad, Perugia, steunde de Welfen. Tijdens de slag bij de Ponte San Giovanni (Sint-Jansbrug), slaagden de Welfen uit Perugia erin een jongeman uit Assisi gevangen te nemen. Zijn naam was Francesco di Bernardone. Het was mede door zijn ervaringen toen hij gevangen genomen werd dat de jonge Francesco besloot dat hij zou veranderen van soldaat. Toen hij terugkeerde naar het huis van zijn vader, deed hij al zijn rijkdommen weg en werd een arme, rondtrekkende prediker, die de mensen vertelde dat ze zich tot God moesten wenden en in vrede met elkaar moesten leven. Hij werkte met de armen en de verstotenen. Zij hadden geen kerk, behalve een ruïne. Franciscus en zijn vrienden herbouwden de kleine vervallen kerk voor de herders en andere arme mensen om te aanbidden. Het wordt de “Porziuncola” genoemd. Francesco (Franciscus) stichtte de orde der Franciscanen. Hij werd heilig verklaard in 1228 en staat bekend als St. Franciscus. Hij is een van de populairste heiligen.
Een grote basiliekkerk werd gebouwd op de zijkant van de berg, ter ere van de heilige Franciscus, en was prachtig versierd met scènes uit zijn leven. Een van de beroemdste scènes toont het verhaal van Franciscus die tot de vogels preekt. In 1997 werd Assisi getroffen door twee aardbevingen. Een deel van het dak van de basiliek viel naar beneden, waarbij vier mensen die eronder stonden om het leven kwamen, en het beschilderde plafond werd beschadigd. Veel mensen “doneerden” (gaven geld) om het gebouw te herstellen, dat minder dan twee jaar later weer werd geopend.
