Nel marzo 2004, quattro sottospecie della volpe delle isole sono state classificate come specie in pericolo protetta a livello federale: la volpe delle isole Santa Cruz, la volpe delle isole Santa Rosa, la volpe delle isole San Miguel e la volpe delle isole Santa Catalina. Dal 2013, la IUCN elenca l’intera specie come quasi minacciata, un miglioramento dal suo precedente stato di “criticamente in pericolo”. Un declino delle popolazioni di volpi delle isole è stato identificato negli anni ’90. Sull’isola di San Miguel, il declino è iniziato nel 1994, con la popolazione che è scesa da 450 adulti a 15 nel 1999. Simili declini della popolazione sono stati scoperti sull’isola di Santa Cruz. Sull’isola di Santa Cruz la popolazione è diminuita da 2.000 adulti nel 1994 a meno di 135 nel 2000, e sull’isola di Santa Rosa dove le volpi potrebbero essere state più di 1.500 nel 1994, ma erano ridotte a 14 animali nel 2000. Nel 2004, c’erano 38 volpi dell’isola di San Miguel, tutte in cattività; 46 volpi in cattività sull’isola di Santa Rosa e sette in natura (la predazione dell’aquila reale ha impedito il rilascio di volpi in cattività in natura); l’isola di Santa Cruz aveva 25 volpi in cattività e una popolazione selvatica stabile di circa 100 volpi.
La predazione dell’aquila reale, scoperta quando le volpi sono state radiocollarate e monitorate, ha dimostrato di essere la causa degli alti tassi di mortalità. L’aquila reale era un visitatore poco comune nelle Channel Islands prima degli anni ’90, secondo i dati raccolti dal Dr. Lyndal Laughrin dell’Università della California Santa Cruz Island Reserve, e il primo nido di aquila reale è stato registrato sull’isola di Santa Cruz nel 1999. I biologi propongono che l’aquila possa essere stata attratta dalle isole negli anni ’60 dopo il declino dell’aquila calva. L’aquila reale ha sostituito l’aquila calva e ha iniziato a nutrirsi di maiali selvatici dopo la devastazione della popolazione locale di aquile calve a causa dell’esposizione al DDT negli anni ’50 – l’aquila calva avrebbe dissuaso l’aquila reale dall’insediarsi sulle isole mentre si nutriva di pesce.
I maiali selvatici su Santa Rosa sono stati sterminati dal National Park Service nei primi anni ’90, che ha rimosso una delle fonti di cibo dell’aquila reale. L’aquila reale ha poi iniziato a predare la popolazione di volpi dell’isola. I maiali selvatici sull’isola di Santa Cruz e i cervi e gli alci sull’isola di Santa Rosa sono stati introdotti quasi 70 anni prima del declino della volpe dell’isola, quindi, l’aquila reale molto probabilmente non ha cercato questi animali come prede alternative. Questo si è verificato molto probabilmente come risultato di un processo noto come competizione apparente: in questo processo, un predatore, come l’aquila reale, si nutre di almeno due prede, per esempio, la volpe dell’isola e i maiali selvatici. Una preda è adattata all’alta pressione di predazione e sostiene la popolazione del predatore (cioè i maiali), mentre l’altra preda (cioè la volpe dell’isola) è poco adatta alla predazione e diminuisce come conseguenza della pressione di predazione. È stato anche proposto che la rimozione completa delle aquile dorate potrebbe essere l’unica azione che potrebbe salvare tre sottospecie della volpe dell’isola dall’estinzione. Tuttavia, i maiali sull’isola di Santa Cruz sono stati uccisi dalla Nature Conservancy con l’idea che attirassero le aquile verso le volpi.
Malattie o parassiti introdotti possono devastare le popolazioni di volpi delle isole. Poiché la volpe dell’isola è isolata, non ha immunità ai parassiti e alle malattie portate dalla terraferma e sono particolarmente vulnerabili a quelle che il cane domestico può portare. Un’epidemia di cimurro canino nel 1998 ha ucciso circa il 90% delle volpi di Santa Catalina Island, riducendo la popolazione da 1.300 a 103 nel 2000. Un programma di vaccinazione è stato avviato per proteggere le volpi di Catalina Island dal cimurro canino. Dopo diversi anni di attenta cattura delle volpi e di vaccinazione contro il cimurro e la rabbia, la loro popolazione ha raggiunto 1.717 nel 2015, superando la popolazione pre-malattia di circa 1.300 unità. Gli scienziati credono che il virus del cimurro sia stato introdotto da un cane da compagnia o da un procione della terraferma che ha fatto l’autostop su una barca o una chiatta. Per eliminare il rischio di malattia, gli animali domestici non sono ammessi nel Channel Islands National Park.
La diminuzione della disponibilità di cibo e il degrado generale dell’habitat a causa di specie di mammiferi introdotti, tra cui gatti selvatici, maiali, pecore, capre e bisonti americani, l’ultimo dei quali è stato introdotto a Catalina Island nel 1920 da una troupe cinematografica di Hollywood che girava un western, ha anche avuto un effetto negativo sulle popolazioni di volpi.
Le volpi minacciano una popolazione dell’averla dell’isola di San Clemente, gravemente minacciata, in residenza sull’isola di San Clemente. La popolazione di volpi dell’isola è stata influenzata negativamente dalla cattura e dalla rimozione o eutanasia delle volpi da parte della Marina degli Stati Uniti. Dal 2000, la Marina ha impiegato diverse strategie di gestione: l’intrappolamento e la detenzione delle volpi durante la stagione riproduttiva dell’Averla, l’installazione di un sistema di recinzione elettrica intorno agli habitat dell’Averla e l’uso di sistemi di collari a shock. Con il graduale recupero della popolazione di averla sull’isola di San Clemente, la Marina non controlla più le volpi.
Le popolazioni delle volpi dell’isola di Santa Cruz, delle volpi dell’isola di San Miguel e delle volpi dell’isola di Santa Rosa hanno avuto un’impennata dai minimi del 2000 di 70 volpi di Santa Cruz e 15 ciascuna delle isole di San Miguel e Santa Rosa. La Catalina Island Conservancy gestisce un programma di allevamento in cattività su Catalina Island. Il 14 settembre 2012, l’US Fish and Wildlife Service ha rilasciato una bozza di piano di recupero per la volpe dell’isola San Miguel, la volpe dell’isola Santa Rosa, la volpe dell’isola Santa Cruz e la volpe dell’isola Santa Catalina. Nel 2012, la Catalina Island Conservancy ha determinato che c’erano 1.500 volpi dell’isola di Santa Catalina e la popolazione era stabile. Al 2015, c’erano 520 volpi native su San Miguel e 874 su Santa Rosa, secondo il gruppo Friends of the Island Fox. Il numero di volpi sull’isola di Santa Cruz era salito a 1.750. L’US Fish and Wildlife Service ha raccomandato la cancellazione delle volpi dell’isola di Santa Cruz, San Miguel e Santa Rosa in un grande successo dell’Endangered Species Act. Tuttavia, stanno raccomandando che l’isola di Santa Catalina sia riclassificata da in pericolo a minacciata, a causa della minaccia di malattie su questa isola molto visitata.
Altre due sottospecie su San Nicolas e San Clemente non sono in pericolo. C’erano 263 volpi su San Nicolas e 1.230 su San Clemente.
Perché le Channel Islands sono quasi interamente possedute e controllate dalla Catalina Island Conservancy, The Nature Conservancy, o dal governo federale, la volpe ha la possibilità di ricevere la protezione di cui ha bisogno, compresa la supervisione costante da parte dei funzionari interessati senza la continua minaccia di invasione umana nel suo habitat.
La volpe non ha persistito sull’isola di Anacapa perché non ha una fonte affidabile di acqua dolce; l’isola di Santa Barbara è troppo piccola per sostenere le esigenze alimentari di una popolazione di volpi vitale.
Rene Vellanoweth, un archeologo, ritiene che la depressione da consanguineità possa essere gestita mescolando le diverse popolazioni di sottospecie di volpe dell’isola come facevano i popoli indigeni, spostandole da un’isola all’altra, creando una maggiore diversità genetica e aiutandole nella ripresa.