Nelle zone dove non si pratica l’irrigazione, le diverse zone di vita vegetale possono essere approssimativamente divise secondo la quantità di pioggia.
La foresta pluviale tropicale si trova lungo lo spartiacque Nilo-Congo, in parti dell’Altopiano del Lago e nell’Etiopia sud-occidentale. Il calore e le piogge copiose producono foreste dense con una grande varietà di alberi e piante tropicali, tra cui l’ebano, il banano, la gomma, il bambù e l’arbusto del caffè. Il bosco misto e la prateria (savana), caratterizzata da una crescita rada di alberi con foglie sottili di media altezza e una copertura del terreno di erba ed erbe perenni, si verifica in gran parte del lago Plateau, in parti del Plateau etiope, nell’area che circonda il Nilo Azzurro vicino ad Al-Ruṣayriṣ, e nella regione meridionale del fiume Al-Ghazāl.
Nelle pianure sudanesi, prevale una miscela di cespugli sottili, alberi spinosi e praterie aperte. Questa zona è paludosa durante la stagione delle piogge, in particolare nella regione di Al-Sudd nel Sudan meridionale centrale, che ha una superficie di quasi 100.000 miglia quadrate. La vegetazione comprende papiro, alte erbe simili a bambù, cannuccia di macis, o turor, lattuga d’acqua, una specie di convolvolo e il giacinto d’acqua sudamericano.
A nord del 10° di latitudine N c’è una fascia di savana spinosa o di arbusteti caratterizzata da piccoli alberi sparsi, cespugli di spine e, dopo la pioggia, erba ed erbe. A nord di questo, tuttavia, le precipitazioni diminuiscono e la vegetazione si dirada, in modo che la campagna è punteggiata da piccoli arbusti spinosi, soprattutto acacie. Da Khartoum verso nord c’è il vero deserto, con precipitazioni scarse e irregolari e nessuna vegetazione permanente, tranne alcuni arbusti stentati. Erbe e piccole erbe possono essere sparse lungo le linee di drenaggio dopo le piogge, ma queste muoiono in poche settimane. In Egitto la vegetazione vicino al Nilo è quasi interamente il risultato dell’irrigazione e della coltivazione.
Molte varietà di pesci si trovano nel sistema del Nilo. Notevoli tra quelli trovati nel sistema del Nilo inferiore sono il pesce persico del Nilo (che può raggiungere un peso di oltre 175 libbre), il bolti (una specie di Tilapia), il barbo, diverse specie di pesce gatto, il pesce elefante e il pesce tigre, o leopardo d’acqua. La maggior parte di queste specie e il sardinelike Haplochromis, il pesce polmone e il pesce fango si trovano a monte del lago Vittoria. L’anguilla comune penetra fino a sud di Khartoum, e l’anguilla spinosa si trova nel lago Vittoria.
Il coccodrillo del Nilo, trovato nella maggior parte del fiume, non è ancora penetrato nei laghi del bacino superiore del Nilo. Altri rettili che si trovano nel bacino del Nilo sono la tartaruga dal guscio morbido, tre specie di varani e circa 30 specie di serpenti, di cui più della metà sono velenosi. L’ippopotamo, un tempo comune in tutto il sistema del Nilo, si trova ora solo nella regione di Al-Sudd e a sud.
Molti banchi di pesci che si nutrivano nelle acque del Nilo in Egitto durante la stagione delle piene si sono ridotti o sono scomparsi dopo la costruzione della diga di Assuan. La maggior parte delle specie di pesci del Nilo erano migranti, e la diga ha impedito a molti di migrare verso il lago Nasser. Anche la diminuzione del numero di acciughe nel Mediterraneo orientale è stata attribuita alla grave riduzione del flusso di nutrienti in uscita dall’acqua a causa della diga. Il lago Nasser, tuttavia, è stato sviluppato in una pesca commerciale, dove il pesce persico del Nilo e altre specie prosperano.