Blue Marlin e la sua nave sorella erano di proprietà della Offshore Heavy Transport di Oslo, Norvegia, dalla loro costruzione, rispettivamente nell’aprile 2000 e nel novembre 1999, fino al 6 luglio 2001, quando sono state acquistate da Dockwise. La Marina degli Stati Uniti ha assunto la Blue Marlin della Offshore Heavy Transport per spostare il cacciatorpediniere USS Cole negli Stati Uniti dopo che la nave da guerra è stata danneggiata da attentatori suicidi di Al-Qaeda mentre era ancorata nel porto di Aden, Yemen. Durante l’ultima parte del 2003, il lavoro fatto sulla Blue Marlin ha aumentato la sua capacità e ha aggiunto due propulsori retrattili per migliorare la manovrabilità. La nave è rientrata in servizio nel gennaio 2004. Dopo questi miglioramenti, Blue Marlin ha consegnato la piattaforma petrolifera Thunder Horse PDQ, del peso di 60.000 tonnellate, a Corpus Christi, Texas, per il completamento.
Nel luglio 2005 Blue Marlin ha spostato la raffineria di gas Snøhvit dal suo cantiere a Cadice a Hammerfest, un viaggio di 11 giorni. Questo trasporto è stato filmato per lo show televisivo Extreme Engineering su Discovery Channel, e anche lo show televisivo Mega Movers su History Channel.
Nel novembre 2005, Blue Marlin ha lasciato Corpus Christi per spostare il massiccio radar a banda X basato sul mare a Adak, Alaska, attraverso la punta meridionale del Sud America e Pearl Harbor, Hawaii. È arrivato a Pearl Harbor il 9 gennaio 2006, dopo aver percorso 15.000 miglia. Nel gennaio 2007, la Blue Marlin è stata impiegata per spostare due piattaforme jack-up, la Rowan Gorilla VI e la GlobalSantaFe Galaxy II, dal porto di Halifax al Mare del Nord.
Il 16 giugno 2012, la nave è arrivata nel porto di Ferrol in preparazione al trasporto della nave da guerra anfibia incompleta HMAS Canberra a Melbourne. La nave australiana è stata sollevata su Blue Marlin il 4 agosto 2012 e doveva salpare il 12 agosto, diretta al cantiere australiano BAE Systems a Williamstown. La nave ha passato i Port Phillip Heads ed è arrivata a Melbourne il 17 ottobre 2012.
Nel maggio 2019, la Blue Marlin è stata brevemente dirottata al largo della costa della Guinea Equatoriale. L’equipaggio si rifugiò nella cittadella della nave, mentre i pirati spararono sul ponte per frustrazione e fuggirono prima dell’arrivo delle marine della Guinea Equatoriale e della Spagna.