St. John’s fu fondata nel 1887 dal vescovo del Kansas, Elisha Thomas, come collegio episcopale per ragazzi dagli 8 ai 18 anni; fu preceduta dalla Phillips Military School, che era stata iniziata dal colonnello William Phillips, un fondatore di Salina. La Salina Troop 1, una delle più antiche truppe di Boy Scout in America, fu organizzata il 21 gennaio 1910 da F. John Romanes, un istruttore di St. John che, a quanto si dice, conosceva Lord Baden-Powell, il fondatore britannico dello scoutismo, e fondò anche lo scoutismo a Colorado Springs, Colorado. L’edificio originale della scuola, Vail Hall, fu completato nel 1888 e ampliato nel 1904; fu distrutto da un incendio nel novembre 1978. Dal 1979, la cerimonia annuale di laurea include il tradizionale passaggio della maniglia della porta d’ingresso dell’edificio, recuperata dai rottami dell’incendio.
La scuola è stata utilizzata per le riprese di Up the Academy, una parodia della rivista Mad sui collegi militari. Il film del 1980 è stato girato interamente a Salina, per lo più nel campus della scuola.
Una vasta gamma di reclami per abusi sono stati presentati contro la St. John’s in una causa federale nel marzo 2012. Una denuncia modificata è stata presentata da sei gruppi di genitori per conto di cadetti della California, Florida, Tennessee, Colorado, Texas e Illinois. La causa è stata risolta con termini non rivelati nel marzo 2014, poco prima dell’inizio del processo. Secondo i registri del tribunale, a partire da giugno 2012 St. John’s aveva risolto quattordici cause precedenti legate ad abusi presentate dal 2006. Un rapporto del marzo 2013 ha trovato 339 denunce di percosse, nonnismo, molestie e abusi nel corso di cinque anni, compresi gli studenti che sono stati marchiati. Nel dicembre 2018, St. John’s è stato ordinato da un arbitro di pagare 369.175 dollari alla famiglia di uno studente che aveva 11 anni nel 2014 quando è stato bullizzato e sodomizzato da un altro studente; l’arbitro ha rilevato che oltre a una gestione inadeguata e inappropriata degli studenti, la scuola aveva allentato gli standard di ammissione in risposta al calo delle iscrizioni.