Un primo esempio di ipogeo si trova nel sito minoico dell’età del bronzo di Cnosso a Creta. Hogan nota che questa volta sotterranea era a forma di alveare e tagliata nella roccia morbida. L’Ipogeo Ħal Saflieni a Paola, Malta, è il più antico esempio di ipogeo preistorico, la fase più antica risale al 3600-3300 a.C.; è un complesso di camere sotterranee, sale e passaggi che copre circa 500 m2 su tre livelli, in parte scolpito per imitare l’architettura dei templi e contenente una vasta arte preistorica. A Larnaka, Cipro, la tomba Lefkaritis è stata scoperta nel 1999.
Gli ipogei sono stati trovati anche nell’Egitto dinastico, come nella piramide Mazghuna settentrionale, nella piramide Mazghuna meridionale e nella piramide Saqqara meridionale. Gli ipogei dell’antica Palmira contenevano loculi chiusi con lastre che portavano rilievi di ritratti scolpiti, e sarcofagi con scene di banchetti familiari scolpite sui loro coperchi.
I cristiani successivi costruirono simili santuari sotterranei, cripte e tombe, che chiamarono catacombe. Ma questa era solo una differenza nel nome, piuttosto che nello scopo e nei rituali, e la ricerca archeologica e storica mostra che erano effettivamente gli stessi. Werner Jacobsen ha scritto:
Come altri romani ambiziosi, i santi vescovi del terzo e quarto secolo erano di solito sepolti in ipogei nei cimiteri fuori dalle mura delle loro città; spesso furono solo i miracoli alle loro tombe a indurre i loro successori ad adottare disegni più aggiornati. A Digione il santo e vescovo Benignus (morto nel 274 circa) fu sepolto in un grande sarcofago in una tomba a camera nel cimitero romano. Nel sesto secolo la tomba era da tempo caduta in rovina ed era considerata pagana, anche dal vescovo Gregorio di Langres.