Una delle proprietà degli enzimi che li rende così importanti come strumenti diagnostici e di ricerca è la specificità che mostrano in relazione alle reazioni che catalizzano. Alcuni enzimi mostrano una specificità assoluta, cioè catalizzano solo una particolare reazione. Altri enzimi saranno specifici per un particolare tipo di legame chimico o gruppo funzionale. In generale, ci sono quattro tipi distinti di specificità:
- Specificità assoluta – l’enzima catalizzerà solo una reazione.
- Specificità di gruppo – l’enzima agirà solo su molecole che hanno gruppi funzionali specifici, come gruppi amminici, fosfati e metili.
- Specificità di legame – l’enzima agirà su un particolare tipo di legame chimico indipendentemente dal resto della struttura molecolare.
- Specificità stereochimica – l’enzima agirà su un particolare isomero sterico o ottico.
Anche se gli enzimi mostrano grandi gradi di specificità, i cofattori possono servire molti apoenzimi. Per esempio, il nicotinamide adenina dinucleotide (NAD) è un coenzima per un gran numero di reazioni di deidrogenasi in cui agisce come accettore di idrogeno. Tra queste ci sono le reazioni di alcool deidrogenasi, malato deidrogenasi e lattato deidrogenasi.