Lo sbocco del lago Henrys è soggetto a sostanziali prelievi dalle diversioni di irrigazione durante l’estate. Alla fine della stagione, quando i prelievi diminuiscono con il tempo più fresco, viene rilasciata più acqua nel torrente, permettendo ai pesci di risalire dalla sezione inferiore del fiume. La Nature Conservancy sponsorizza una stazione di apprendimento vicino al torrente di uscita.
A sud del lago a Big Springs, quasi 500.000 galloni USA (1.900 m3) di acqua costante a 52 °F (11 °C) fluiscono nel fiume ogni giorno. Il fiume scorre verso sud attraverso un altopiano nel nord della contea di Fremont, attraverso la Caribou-Targhee National Forest, e passa attraverso l’Island Park Reservoir. Emerge dal bacino e scorre attraverso un canyon che si apre in un ampio prato pianeggiante nella caldera di Island Park nella contea centrale di Fremont. Il fiume scorre lentamente oltre la città di Island Park, attraverso l’Harriman State Park, altrimenti noto come il “Railroad Ranch”, e poi scende rapidamente mentre si avvicina alla parete della caldera, scorrendo sia sulla Upper Mesa che sulla Lower Mesa Falls, ed emerge dalle montagne sulla Snake River Plain vicino Ashton. Scorre verso sud-ovest attraverso la pianura, oltre St. Anthony, e si divide in più canali in un ampio delta interno a nord di Rexburg. Riceve il fiume Teton da est circa 5 miglia (8,0 km) ad ovest di Rexburg. Si unisce allo Snake da nord-est circa 10 miglia (16 km) a sud-ovest di Rexburg, appena sotto i 4.800 piedi (1.463 m).
Island Park Reservoir, un componente del Minidoka Project, è usato per l’irrigazione nella pianura del fiume Snake. Il suo drenaggio fornisce una delle più importanti zone di pesca della trota iridea nell’Idaho in termini di habitat, popolazioni di pesci e uso da parte dei pescatori. La sezione del fiume tra Henry’s Lake e Big Springs è un’importante area di deposizione delle uova per le trote ed è chiusa alla pesca.
Henrys Fork è stata a lungo nota per la sua superba pesca, specialmente quella a mosca secca. Bing Lempke, un addetto alle tubature della vicina Idaho Falls, era considerato il decano locale della pesca, fino alla sua morte nel 1990.