La poesia Flannan Isle è citata da Tom Baker nei panni del Dottore alla fine della storia di Doctor Who Horror of Fang Rock, che era ambientata su un faro e comportava una spiegazione aliena per la tragedia che ha colpito i tre guardiani e i sopravvissuti di un naufragio.
Per l’album Chansons des mers froides (Canzoni dei mari freddi) del 1994, il produttore francese Hector Zazou adattò un estratto del poema Flannan Isle come una canzone intitolata The Lighthouse. La voce principale fu eseguita da Siouxsie Sioux di Siouxsie and the Banshees, e i cori furono forniti da una donna sciamana Nanai.
La canzone dei Genesis The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (su Archive 1967-75) è basata sull’incidente così come l’opera The Lighthouse di Peter Maxwell Davies.
Il romanzo Some Strange Scent of Death di Angela J. Elliott prende il nome da un verso della poesia e racconta della scomparsa dei guardiani del faro.
La storia principale del videogioco Dark Fall II: Lights Out contiene personaggi e luoghi legati all’incidente.
Il film thriller scozzese del 2018 The Vanishing è ambientato nelle isole Flannan.