ApE è un editor di sequenze proprietario che utilizza un formato GenBank modificato per salvare le sequenze. Il software può essere utilizzato per l’assemblaggio di tracce di sequenziamento, digest virtuali, annotazione di sequenze e rappresentazione schematica di sequenze. È stato creato e viene mantenuto da Wayne Davis dell’Università dello Utah. L’attuale versione stabile, a giugno 2010, è la 1.17 e il software funziona su Windows, Mac e Unix. Il software è gratuito ma le donazioni sono incoraggiate.
Caratteristiche
OS, formato dati
- funziona su Windows, OS X, e Linux/Unix
- importa DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL e tracce di sequenza ABI
- salva i dati in un formato di file Genbank modificato (compatibile con DNA Strider)
- esporta la tabella delle caratteristiche BankIt per la presentazione della sequenza a NCBI GenBank
- esporta file grafici di diagrammi di sequenza
Markup e strumenti di sequenza
- pre-esistenti tabelle di caratteristiche espandibili che possono essere usate per l’annotazione automatica
- ricerca di sequenze, e.Ad esempio per primer, sonde, o siti di restrizione
- siti di restrizione e marcatura della regione nella sequenza e in una semplice vignetta
- mostra la traduzione, Tm, %GC, ORF del DNA selezionato
- BLAST sequenza selezionata in NCBI o wormbase
- digest virtuale incluso diagramma del gel
L’autore è molto reattivo e ha integrato un’opzione di esportazione BankIt, da me suggerita, entro pochi giorni. –JS 05:50, 30 giugno 2010 (EDT)
C’è un grave bug che colpisce la funzione di allineamento nelle recenti versioni di ApE (l’ho riscontrato almeno nella 2.0.39 – 2.0.45, può riguardare tutte le versioni 2.0.X?) rilasciate negli ultimi ~12 mesi, compresa la versione attuale (2.0.45). In alcuni casi in cui le sequenze differiscono per una singola coppia di base indel, l’allineamento prodotto da ApE non è corretto e i residui non corrispondenti non sono evidenziati in rosso come previsto. Questo può rendere molto facile perdere piccole delezioni quando si controllano i dati di sequenziamento rispetto alla sequenza prevista. Questo dovrebbe essere corretto nella versione 2.0.46 ancora da rilasciare. Vedi la segnalazione di bug qui (“Misalignment of sequences with indels (sometimes)”). Usare con cautela! –Damian Ekiert 12:19, 22 febbraio 2013 (EST). La versione attuale, v2.0.46, non ha questo problema, dice il bug report — JM 9/2013
Link alla homepage di ApE
- ApE plasmid editor homepage & downloads
- ApE wiki per domande, risposte, richieste di funzionalità, segnalazioni di bug, ecc.
- scarica le ultime versioni in anteprima (alpha)
Vedi anche
- Rassegna di ApE su softpedia
- Un tutorial OWW utilizzando ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#Elaborazione sequenze di DNA
- Biosoftware per Mac
- Analisi delle sequenze