Elősz. 1000 körül nagy népcsoportok telepedtek le ezen a területen. Ezek voltak az umbriaiak. Kis erődített falvakban éltek a magaslatokon. Kr. e. 450-től az umbriaiak falvait az etruszkok vették át. Ezután a rómaiak a Kr. e. 295-ben lezajlott sentinumi csatával átvették az uralmat Közép-Itália felett. Teraszokba (széles lépcsőkbe) rendezett földeket egyenlítettek ki, és a Subasio-hegy oldalában felépítettek egy nagy várost, Asisiumot. Ez a város lett Assisi. Assisiben még ma is látható néhány épület a római korból. Ezek közé tartoznak a falak, a főtér és Minerva istennő temploma, amely ma a Santa Maria sopra Minerva nevű templom.
Kr. u. 238-ban Rufino püspök tanítása nyomán Assisi egész lakossága keresztény lett. Őt mártírhalált halt. Úgy tartják, hogy holtteste az assisi San Rufino székesegyház alatt van eltemetve.
Totila király ostrogótjai 545-ben elpusztították a város nagy részét. Ezután Assisi az észak-itáliai longobárdok, majd a frank uralkodók uralma alá került.
A 11. században (1000-es évek) Assisi szabad város lett. De állandó harcok folytak két csoport, a ghibellinek és a guelfek között. Assisi főként a ghibellinusokat támogatta, de a legközelebbi nagyváros, Perugia a guelfeket. A Ponte San Giovanni (Szent János híd) melletti csata során a perugiai guelfeknek sikerült elfogniuk egy assisi fiatalembert. Francesco di Bernardone volt a neve. Részben a fogságban szerzett tapasztalatai miatt döntött úgy az ifjú Francesco, hogy nem lesz többé katona. Amikor visszatért apja házába, félretette minden vagyonát, és szegény vándorprédikátor lett, aki azt mondta az embereknek, hogy forduljanak Istenhez, és éljenek békében egymással. A szegényekkel és a kitaszított emberekkel foglalkozott. Nem volt templomuk, csak egy romhalmaz. Szent Ferenc és barátai újjáépítették az apró romos templomot, hogy a pásztorok és más szegény emberek imádkozhassanak benne. Ezt a templomot “Porziuncola”-nak nevezték el. Francesco (Ferenc) megalapította a ferencesek rendjét. Őt 1228-ban “kanonizálták” (szentté avatták), és Szent Ferenc néven ismert. Ő az egyik legnépszerűbb szent.
Szent Ferenc tiszteletére egy nagy bazilika templomot építettek a hegy oldalában, amelyet gyönyörűen díszítettek életének jeleneteivel. Az egyik leghíresebb jelenet Szent Ferenc történetét mutatja be, amint a madaraknak prédikál. 1997-ben Assisit két földrengés is sújtotta. A bazilika tetejének egy része beszakadt, megölve négy embert, akik alatta álltak, és megrongálva a festett mennyezetet. Sokan “adakoztak” (pénzt adtak) az épület javítására, amelyet kevesebb mint két évvel később újra megnyitottak.
