Dans les régions où aucune irrigation n’est pratiquée, différentes zones de vie végétale peuvent être grossièrement divisées en fonction de la quantité de pluie.
La forêt tropicale humide se trouve le long de la ligne de partage des eaux Nil-Congo, dans certaines parties du plateau des lacs et dans le sud-ouest de l’Éthiopie. La chaleur et les pluies abondantes produisent des forêts épaisses avec une grande variété d’arbres et de plantes tropicales, notamment l’ébène, le bananier, le caoutchouc, le bambou et le caféier. Des forêts et des prairies mixtes (savane), caractérisées par une croissance clairsemée d’arbres à feuillage fin de hauteur moyenne et une couverture végétale d’herbes et de plantes vivaces, se trouvent dans de grandes parties du plateau lacustre, dans certaines parties du plateau éthiopien, dans la zone qui borde le Nil Bleu près d’Al-Ruṣayriṣ, et dans la région méridionale du fleuve Al-Ghazāl.
Dans les plaines soudanaises, un mélange de broussailles minces, d’arbres épineux et de prairies ouvertes prévaut. Cette zone est marécageuse pendant la saison des pluies, notamment dans la région d’Al-Sudd, au centre du Soudan du Sud, qui a une superficie de près de 100 000 miles carrés. La végétation y comprend le papyrus, de hautes herbes ressemblant à des bambous, l’ambroisie de roseau, ou turor, la laitue d’eau, une espèce de convolvulus, et la jacinthe d’eau sud-américaine.
Au nord de la latitude 10° N, il existe une ceinture de savane épineuse ou de pays d’arbustes de vergers caractérisée par de petits peuplements d’arbres épars, des buissons d’épines, et – après la pluie – des herbes et des graminées. Au nord, cependant, les précipitations diminuent et la végétation s’éclaircit, de sorte que la campagne est parsemée de petits arbustes épineux, principalement des acacias. De Khartoum vers le nord, on trouve un véritable désert, avec des précipitations rares et irrégulières et aucune végétation permanente, à l’exception de quelques arbustes rabougris. Des herbes et des petites plantes peuvent être dispersées le long des lignes de drainage après les pluies, mais elles disparaissent en quelques semaines. En Égypte, la végétation près du Nil est presque entièrement le résultat de l’irrigation et de la culture.
De nombreuses variétés de poissons se trouvent dans le système du Nil. Parmi ceux que l’on trouve dans le système du Nil inférieur, il y a notamment la perche du Nil (qui peut atteindre un poids de plus de 175 livres), le bolti (une espèce de Tilapia), le barbeau, plusieurs espèces de poissons-chats, le poisson-nourriture d’éléphant et le poisson-tigre, ou léopard d’eau. La plupart de ces espèces, ainsi que le sardinelle Haplochromis, le dipneuste et le poisson-vase, se trouvent en amont du lac Victoria. L’anguille commune pénètre aussi loin au sud que Khartoum, et l’anguille épineuse se trouve dans le lac Victoria.
Peint spécialement pour l’Encyclopædia Britannica par Tom Dolan, sous la supervision de Loren P. Woods, Musée d’histoire naturelle de Chicago
Le crocodile du Nil, présent dans la plupart des parties du fleuve, n’a pas encore pénétré dans les lacs du bassin supérieur du Nil. Les autres reptiles présents dans le bassin du Nil sont la tortue à carapace molle, trois espèces de varans et une trentaine d’espèces de serpents, dont plus de la moitié sont venimeux. L’hippopotame, autrefois commun dans tout le système du Nil, ne se trouve plus que dans la région d’Al-Sudd et au sud.
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De nombreux bancs de poissons qui se nourrissaient dans les eaux du Nil en Égypte pendant la saison des crues ont été réduits ou ont disparu depuis la construction du haut barrage d’Assouan. La plupart des espèces de poissons du Nil sont des migrateurs, et le barrage a empêché beaucoup d’entre eux de migrer vers le lac Nasser. La diminution du nombre d’anchois dans l’est de la Méditerranée a également été attribuée à la forte réduction du débit des nutriments d’origine hydrique due au barrage. Le lac Nasser, cependant, a été transformé en une pêcherie commerciale, où la perche du Nil et d’autres espèces prospèrent.