TAIR – A propos d’Arabidopsis

A propos d’Arabidopsis

• Résumé
• Histoire d’Arabidopsis thaliana
• Des noms communs pour une mauvaise herbe peu commune.
• Distribution géographique des écotypes et histoire de certaines souches « de laboratoire » préférées.
• Stades de croissance de l’Arabidopsis et chronologie des événements
• 101 façons de cultiver l’Arabidopsis
• Rôle et importance de l’Arabidopsis en tant qu’organisme modèle
• Aperçu du génome
• Livres sur . Arabidopsis et les méthodes de recherche sur Arabidopsis
• Timeline des événements majeurs de la recherche sur Arabidopsis

Résumé Arabidopsis thaliana est une petite plante à fleurs qui est largement utilisée comme organisme modèle en biologie végétale. Arabidopsis est un membre de la famille de la moutarde (Brassicaceae), qui comprend des espèces cultivées comme le chou et le radis. L’Arabidopsis n’a pas d’importance agronomique majeure, mais elle offre des avantages importants pour la recherche fondamentale en génétique et en biologie moléculaire. Cliquez sur le lien vers le Taxonomy Browser du NCBI pour consulter la taxonomie d’Arabidopsis ou celle des Brassicaceae. Une entrée Wikipedia est également disponible. Quelques statistiques utiles : Un petit génome (114,5 Mb/125 Mb au total) a été séquencé en l’an 2000 (SequenceViewer, AGI). Cartes génétiques et physiques étendues des 5 chromosomes (MapViewer). Un cycle de vie rapide (environ 6 semaines de la germination à la graine mature). Une production de graines prolifique et une culture facile dans un espace restreint. Des méthodes de transformation efficaces utilisant Agrobacterium tumefaciens. Un grand nombre de lignées mutantes et de ressources génomiques, dont beaucoup sont disponibles dans les centres de stockage. Une communauté de recherche multinationale composée de laboratoires universitaires, gouvernementaux et industriels. De tels avantages ont fait d’Arabidopsis un organisme modèle pour les études de la biologie cellulaire et moléculaire des plantes à fleurs.TAIR recueille et met à disposition les informations issues de ces efforts.Vue d’Arabidopsis thaliana Histoire d’Arabidopsis thaliana en tant qu’organisme de recherche. « Arabidopsis thaliana a été découverte par Johannes Thal (d’où thaliana) dans les montagnes du Harz au XVIe siècle, bien qu’il l’ait appelée Pilosella siliquosa (et elle a subi un certain nombre de changements de nom depuis). Le premier rapport sur un mutant (à ma connaissance) date de 1873 (par A. Braun). F. Laibach a résumé pour la première fois le potentiel d’Arabidopsis thaliana en tant qu’organisme modèle pour la génétique en 1943 – il a cependant travaillé sur cette plante bien plus tôt, publiant son numéro de chromosome correct en 1907. La première collection de mutants induits a été réalisée par l’étudiant de Laibach, E. Reinholz. Sa thèse a été soumise en 1945, les travaux publiés en 1947. Langridge a joué un rôle important dans l’établissement des propriétés et de l’utilité de l’organisme pour les études de laboratoire dans les années 1950, tout comme Rédei et d’autres (tels que J.H. van der Veen aux Pays-Bas, J. Veleminsky en Tchécoslovaquie et G. Röbbelen en Allemagne) dans les années 1960. L’une des nombreuses et importantes contributions de Rédei a été d’écrire des revues savantes sur Arabidopsis, dont l’une, particulièrement approfondie, se trouve dans Bibliographica Genetica vol 20, n° 2, 1970, pp. 1- 151. Il en a écrit une autre, plus facile à trouver, dans Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9, 111-127. Tous deux retracent une partie de l’histoire de l’utilisation d’Arabidopsis en laboratoire, bien que celui de 1970, plus long, contienne tous les détails. »

–d’après Elliot Meyerowitz, 1998

Noms communs pour Arabidopsis Selon Redei, GP. (1992) Un regard heuristique sur le passé de la génétique d’Arabidopsis. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Anglais : Wall cress ; mouse-ear cress Allemand : Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Français : arabette rameuse, arabette des dames Espagnol : arabide Hollandais : zandraket Danois : gåsemad Norvégien : vårskrinneblom Hongrois : lúdfü Polonais : rzodkiewnik Japonais : shiro-inu-nazuna Écotypes d’Arabidopsis et répartition géographique d’Arabidopsis Plus de 750 accessions naturelles d’Arabidopsis thaliana ont été collectées dans le monde entier et sont disponibles auprès des deux principaux centres de stockage de semences, ABRC et NASC. Ces accessions sont très variables en termes de forme et de développement (par exemple, la forme des feuilles, la pilosité) et de physiologie (par exemple, le temps de floraison, la résistance aux maladies). Les chercheurs du monde entier utilisent ces différences dans les accessions naturelles pour découvrir les interactions génétiques complexes telles que celles qui sous-tendent les réponses des plantes à l’environnement et l’évolution des traits morphologiques. Bien que de nombreuses collections d’accessions naturelles puissent ne pas répondre à une définition stricte d’un écotype, elles sont communément appelées écotypes dans la littérature scientifique. Image PNG de la distribution mondiale (1993, de Jonothan Clarke) Cette figure a été produite par Jonathan Clarke pour sa thèse de doctorat (1993) avec Caroline Dean à Norwich, Royaume-Uni. Cette carte a été basée, c’est-à-dire redessinée, à partir d’un original de George Redei (1969). Carte du monde montrant la distribution géographique (longitude, latitude, altitude) de plus de 30 écotypes d’Arabidopsis. Cette image nous a été aimablement fournie par l’Université de Toronto et est également disponible sous forme de carte interactive sur leur site web http://www.bar.utoronto.ca/ Carte de distribution d’Arabidopsis aux USA à partir de la base de données Plants de l’USDA.Pour visualiser la carte de manière interactive (en cliquant sur les liens des états pour une distribution à l’échelle du comté) et voir d’autres données, allez sur le site web Plants Database et entrez une requête pour le nom scientifique =Arabidopsis thaliana. Suivez les liens pour visualiser la distribution et d’autres liens. Informations sur les origines des écotypes fréquemment utilisés (Landsberg erecta, Columbia, et Wassilewskija du NASC. Stades de croissance et chronologie d’Arabidopsis Tableau chronologique des stades de croissance déterminés pour l’écotype Columbia-O d’Arabidopsis de Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Visualisation d’un film de laps de temps d’une graine d’Arabidopsis en germination, de 0 à 65 heures après la plantation. L’écotype est Col-0, les images ont été capturées toutes les 10 minutes. Ce film Quicktime a été gracieusement fourni à TAIR par le Dr. Ronny Joosen (Wageningen University). Visionnez un film en temps réel montrant la croissance d’Arabidopsis de 4 jours après la plantation (dap) à 22 dap. Les plantes Columbia ont été cultivées sous une lumière constante dans une chambre de croissance ; les images ont été capturées toutes les trente minutes. Cette vidéo Quicktime de 65MB couvre les événements suivant la germination jusqu’à la montée en graines. La vidéo originale a été gracieusement fournie à TAIR par le Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) et portée au format Quicktime. Vous pouvez télécharger Quicktime ici. Informations sur Arabidopsis en tant qu’organisme génétique modèle Arabidopsis en tant que plante modèle : rapport de la NSF et du MASC. Arabidopsis – un projet de génome végétal, l’un des Nifty50 de la National Science Foundation, USA. Livres sur Arabidopsis Arabidopsis : A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 Un manuel de laboratoire complet et détaillé sur Arabidopsis comprenant des sections sur la croissance des plantes, l’analyse génétique, la protéomique et la génomique. The Arabidopsis Book Chris Somerville et Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Un recueil dynamique de la biologie d’Arabidopsis basé sur le Web. Les chapitres rédigés par des experts dans leur domaine sont disponibles en ligne et gratuitement sous forme de documents au format PDF. Arabidopsis : une approche pratique. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, UK. Plus de protocoles et méthodes Arabidopsis : Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson et Jeremy Roberts, eds. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, eds. CSHL Press, New York, USA. Un aperçu assez complet de l’Arabidopsologie Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlin & New York. Images et descriptions de plantes normales et mutantes d’Arabidopsis Méthodes de recherche sur Arabidopsis. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protocoles et méthodes pour les chercheurs d’Arabidopsis Ligne de temps 2005 : Première version du génome TAIR (version TAIR 6.0, nov. 2005). 2004 : Version finale de TIGR Genome (version TIGR 5.0, mars 2004). 2003 : Version TIGR 4.0 Genome (juin 2003). 2001 : Accent accru sur la génomique fonctionnelle et comparative, programme NSF2010. 2000 : Achèvement de la séquence du génome. 1999 : Les puces à ADN et les microréseaux sont disponibles. 1999 : Séquençage des chromosomes II et IV. 1998 : Arabidopsis figure dans le numéro de Science consacré au génome. 1997 : Les cartes physiques de tous les chromosomes sont terminées. 1996 : Organisation de l’initiative du génome d’Arabidopsis. 1995 : Construction des bibliothèques BAC et P1 standard. 1994 : Début des efforts de séquençage de l’ADNc. 1993 : Mise en place de la transformation à haut rendement. 1992 : Publication de la première marche des chromosomes. 1991 : Création de centres de stockage et d’une base de données. 1990 : Lancement du projet du génome d’Arabidopsis. 1989 : Clonage du premier gène mutant marqué par l’ADN-T. 1988 : Publication de la première carte chromosomique RFLP. 1988 : Création d’un groupe de discussion électronique sur Arabidopsis. 1986 : Publication des premières séquences génétiques d’Arabidopsis. 1986 : Transformation avec Agrobacterium rapportée 1985 : Première promotion comme modèle de génétique moléculaire. 1984 : Caractérisation de la taille et de la complexité du génome. 1983 : Publication de la première carte génétique détaillée. 1980 : Intérêt accru pour l’utilisation d’Arabidopsis dans l’étude de la biochimie, de la physiologie et du développement des plantes. 1976 : Deuxième conférence internationale sur Arabidopsis. 1970 : Publication du premier article de synthèse important. 1965 : Première conférence internationale sur Arabidopsis. 1964 : Publication du premier bulletin d’information d’Arabidopsis.