Fondée le 31 mars 1782, la mission San Buenaventura est la neuvième de la chaîne des missions, la dernière à avoir été fondée du vivant du père Serra et l’une des six qu’il a personnellement consacrées. La mission a été construite dans le cadre de la section du canal de Santa Barbara, qui comprenait les missions de Santa Barbara et de La Purísima, et El Presidio à Santa Barbara.
Les pères, qui avaient déjà trois missions dans le nord et trois dans le sud de la Californie, craignaient une révolte indienne dans la partie centrale de l’État. Ils pensaient qu’une révolte indienne pourrait être dévastatrice, en raison du relief de la région. Les montagnes de la zone du canal de Santa Barbara descendent gracieusement vers l’océan, laissant peu d’espace pour le passage. Les missionnaires craignaient que des Indiens en colère puissent facilement diviser l’État, limitant les Espagnols aux communications par la mer. La révolte n’a jamais eu lieu, et la Mission San Buenaventura a continué à être un grand producteur agricole.
Les Indiens de la région étaient des Chumash, qui couvraient la zone de Ventura vers le nord jusqu’à San Luis Obispo. Les Chumash étaient les plus avancés de toutes les tribus de la mission. À l’aide de canoës, comme cette réplique du canoë à planches, les Chumash se rendaient souvent dans les îles du canal de Santa Barbara, jusqu’à 65 miles du continent. Les Chumash excellaient dans la fabrication de paniers, une mesure fréquemment utilisée par les Espagnols pour juger de l’intelligence d’une tribu indienne. Les Indiens utilisaient les paniers pour cuisiner, piéger le poisson et transporter de l’eau.
Sous la direction du Padre Cambon, les indigènes ont construit un aqueduc de sept miles qui amenait l’eau de la rivière Ventura à ce bâtiment de filtration d’eau. Il fut nommé de manière appropriée el caballo, ce qui signifie « cheval » en espagnol, car on disait que le bec ressemblait à la tête d’un cheval. El caballo a plus tard inspiré terreur et mépris lorsqu’il a été converti en prison.
Uniques à la Mission San Buenaventura sont ces cloches en bois. Elles étaient utilisées pendant la semaine sainte, entre le dimanche des Rameaux et Pâques, alors que les cloches métalliques étaient silencieuses. Bien qu’elles soient certainement originales, leurs origines sont un mystère.
Après une série de tremblements de terre et un raz-de-marée qui les a accompagnés en 1812, l’église a été magnifiquement restaurée ; elle contient un crucifix de 400 ans provenant des Philippines. Au centre, au-dessus du tabernacle, se trouve Saint Bonaventure, patron de la mission. L’église met également en valeur un sanctuaire de Nuestra Señora de Guadalupe.