Acte IEdit
La crèche des Darling
Alors que M. et Mme Darling se préparent pour une soirée, deux de leurs enfants, Wendy et John, jouent à être leurs parents. Lorsque Mme Darling remarque que Michael est laissé de côté, elle le fait entrer dans le jeu et se joint à eux tous (« 1, 2, 3 ») sous la surveillance de la chienne Nana, leur nourrice. Lorsque M. Darling entre pour faire nouer sa cravate, il s’interroge sur le fait d’avoir un chien comme nourrice, mais Mme Darling prend sa défense. La semaine précédente, pendant que les enfants dormaient, Nana a vu un garçon dans la chambre qui s’est envolé par la fenêtre avant qu’elle ne puisse l’attraper, laissant derrière lui son ombre, que Mme Darling a rangée dans un tiroir. Malgré cela, M. Darling insiste pour que Nana passe la nuit en bas. Mme Darling et les enfants chantent une berceuse (« Tender Shepherd »).
Les enfants s’endorment. Une fée, la fée Clochette, et Peter Pan entrent par la fenêtre pour chercher son ombre. Wendy est réveillée par les cris du garçon qui ne parvient pas à rattacher son ombre et l’aide en la recousant. Peter est ravi lorsque son ombre est rattachée (« I’ve Gotta Crow ») et lui dit qu’il vit au Pays Imaginaire (« Never Never Never Land ») avec les Garçons Perdus. Wendy réveille ses frères, et Peter les invite tous au Pays Imaginaire, et promet de leur apprendre à voler. Peter s’élance joyeusement dans les airs (« I’m Flying »).
Peter saupoudre les enfants de poussière de fée et leur dit de « penser à de belles choses » (« I’m Flying – Reprise »). Les enfants suivent Peter, mais Michael fait marche arrière lorsque la servante Liza entre dans la pièce, lui donnant un peu de sa poussière de fée et l’invitant à venir au Pays Imaginaire avec eux.
Acte IIEdit
Le Pays Imaginaire
Au Pays Imaginaire, les « garçons perdus » de Peter se tiennent à l’extérieur de leur repaire souterrain, se demandant quand il reviendra, lorsqu’ils entendent le capitaine Crochet et ses pirates (« Chanson du pirate »). Les garçons se cachent. Crochet dit à Smee, son bras droit, qu’il veut tuer Peter, parce qu’il lui a coupé la main et l’a jetée à un crocodile, qui a depuis pris goût à Crochet et le suit partout. Heureusement pour Crochet, le crocodile a avalé une horloge qui fait tic-tac et avertit Crochet de sa présence. Crochet tombe accidentellement sur l’entrée de la cachette, et convoque Mouche et ses hommes pour qu’ils lui fournissent une musique d’ambiance pendant qu’il prépare la fin des Garçons (« Tango de Crochet »), un riche gâteau au glaçage empoisonné. Crochet entend soudain un fort tic-tac ; le crocodile apparaît mais Crochet s’échappe. Les pirates s’enfuient, et les Garçons réapparaissent, pensant qu’ils sont en sécurité. Soudain, un groupe d' »Indiens » apparaît, mené par Tiger Lily (« Indiens »). Ils laissent les Garçons seuls, et continuent à chasser les pirates.
Les Garçons perdus aperçoivent soudain Wendy dans le ciel et la prenant pour un oiseau, l’un d’eux tire une flèche. Peter, Michael et John débarquent pour trouver la flèche logée dans son cœur, bien qu’elle ne soit pas morte. Les Garçons perdus construisent une maison autour d’elle, espérant qu’elle deviendra leur mère (« Wendy »), ce qu’elle accepte à son réveil. Crochet plante le gâteau, mais Wendy ne laisse pas les enfants le manger car elle sait que ce ne serait pas bon pour eux ; à la place, elle leur raconte des histoires, dont celle de Cendrillon. Crochet est furieux que les Garçons aient trouvé une mère. Il complote pour kidnapper Wendy et les Garçons, tandis que Smee et les pirates jouent une autre chanson « Ma tarentelle ». Après le départ des pirates pour leur navire, Liza arrive et danse avec les animaux du Pays Imaginaire pendant que Peter fait le guet à l’extérieur de la maison.
Les jours passent et tout le monde vit des aventures. Un jour, dans la forêt, après que Peter ait entraîné les Garçons dans leur hymne (« Je ne grandirai pas »), ils manquent de tomber sur les pirates, qui ont capturé Tiger Lily et l’attachent à un arbre. Peter se cache et imite la voix de Crochet, ordonnant aux hommes de la libérer. Lorsque Crochet arrive, il est furieux et exige que « l’esprit de la forêt » lui parle. Peter leur fait croire qu’il est Crochet, et que le vrai Crochet est une morue. Crochet demande à « l’esprit » de révéler sa véritable identité. Peter s’exécute en se faisant passer pour une « belle dame » (« Oh, ma mystérieuse dame ») et Crochet et ses pirates tentent de tendre une embuscade à Peter, mais ils sont chassés par Tiger Lily et sa tribu d’Amérindiens.
De retour à la cachette, Tiger Lily et sa tribu sont presque abattus par les Garçons, jusqu’à ce que Peter révèle la trêve entre eux. Ils fument un calumet de la paix et se jurent une amitié éternelle (« Ugg-a-Wugg »). Tiger Lily et ses Indiens partent monter la garde autour de la maison du dessus. Wendy demande à Peter de chanter aux garçons une berceuse (« Distant Melody ») inspirée du conte de fées classique Cendrillon. Michael et John veulent rentrer chez eux, et Wendy admet qu’elle a aussi le mal du pays. Les garçons souhaitent avoir des parents, et Wendy leur propose les siens. Tous sont enthousiastes à l’idée d’être adoptés, sauf Peter, qui dit qu’il n’ira pas parce qu’il sait qu’il va grandir s’il le fait. Wendy lui dit qu’elle reviendra une fois par an pour faire son ménage de printemps.
Les pirates attaquent et soumettent les Indiens. Ils donnent à Peter un faux signal de fin d’alerte, alors Peter envoie tristement Wendy, ses frères et les Garçons perdus sur leur chemin. Avant de partir, Wendy prépare le « médicament » de Peter pour qu’il le prenne avant de se coucher. Après son départ en larmes, Peter, qui prétendait ne pas s’en soucier, se jette sur un lit et s’endort en pleurant. Alors qu’ils quittent la maison souterraine, Wendy et les garçons sont capturés par les pirates. Crochet se faufile alors dans le repaire et empoisonne le médicament de Peter. La fée Clochette réveille Peter, l’informe de l’embuscade et le met en garde contre le poison, mais il l’ignore car il se prépare à le secourir. Désespérée, elle boit le poison elle-même. Mourante, elle dit à Peter que si tous les garçons et les filles qui croient aux fées tapent dans leurs mains, elle vivra. Peter demande au public de croire et de taper des mains. Ils le font, et Clochette est sauvée. Peter saisit son épée et part sauver Wendy et les garçons.
Acte IIIEdit
Le Jolly Roger
Hook se délecte de son succès (« Hook’s Waltz »). Alors que la planche est préparée, Crochet entend le tic-tac du crocodile et panique. Il s’agit en fait de Peter avec une horloge, et pendant que Crochet se dégonfle, Peter et les Garçons aident les Indiens, les animaux et Liza à monter sur le bateau et à se cacher. Peter se cache dans un placard et tue deux pirates que Crochet envoie. Un troisième pirate, Starkey, refuse d’obéir à l’ordre de Crochet et saute par-dessus bord. Les pirates transportent alors les garçons à l’intérieur, et ceux-ci font semblant d’avoir peur pendant qu’ils sont transportés. Peter se déguise en pirate et les pirates pensent que le « doodle-doo » (nommé ainsi parce que Peter continue à chanter après avoir tué les pirates) a tué tous les Garçons. Crochet croit que le bateau est maintenant maudit, et tout le monde pense que Wendy en est la source. Les pirates poussent Wendy sur la planche. Peter abandonne son déguisement et les Indiens et les animaux attaquent, ainsi que les garçons qui sont vivants et armés. Les pirates sont tous vaincus, et Peter défie Crochet en duel et le bat. Crochet menace de faire exploser le bateau avec une bombe, mais tombe sur le vrai crocodile (que Peter a aussi amené sur le bateau). Peter attrape la bombe et la jette à la mer après que Crochet ait glissé sur la planche (qui a la forme d’un toboggan) avec le crocodile qui le poursuit. Lorsque Peter se met les doigts dans les oreilles, la bombe explose et Crochet est soit réduit en miettes, soit dévoré par le crocodile. Tout le monde chante les louanges de Peter (« Finale : I’ve Gotta Crow »). Avant que les enfants Darling et les Garçons perdus ne partent pour Londres, Liza demande à Peter de lui apprendre à chanter (« Finale : I’ve Gotta Crow » ).
De retour chez eux, les Darling s’assoient à la fenêtre de la nursery, nuit après nuit, espérant le retour de leurs enfants. Les enfants réapparaissent silencieusement et chantent pour leur mère (« Tender Shepherd » ). Les Darling acceptent avec joie d’adopter les Garçons perdus (« Finale : Nous allons grandir »). Wendy promet d’attendre Peter, en espérant qu’un jour il reviendra la chercher.
Les années passent, et Peter revient à la crèche, surprenant une Wendy beaucoup plus âgée, qui ne l’attendait plus. Il est venu l’emmener au Pays Imaginaire pour le nettoyage de printemps, mais elle refuse car elle est maintenant adulte ; mariée avec une fille à elle, Jane. Peter se met à pleurer et Wendy quitte la pièce au son de la voix off de son mari. Jane se réveille et, comme sa mère avant elle, demande : « Mon garçon, pourquoi pleures-tu ? ». Peter se présente, mais Jane sait tout de lui grâce aux histoires de sa mère. Elle attendait qu’il vienne l’emmener au Pays Imaginaire pour qu’elle apprenne à voler. Peter, à nouveau heureux, lui jette de la poussière de fée, mais alors qu’ils sont sur le point de partir, Wendy tente de les arrêter en disant : « Oh, si seulement je pouvais aller avec toi ! ». Dans le moment le plus poignant du spectacle, Peter répond avec un sourire triste mais compréhensif : « Tu ne peux pas. Tu vois, Wendy… tu es trop grande ». Wendy laisse donc Jane partir à contrecœur, « juste pour le nettoyage de printemps ». Sa fille et le « garçon qui ne voulait pas grandir » s’envolent dans la nuit sous le regard de Wendy depuis la fenêtre. (« Finale : Le Pays Imaginaire »)