L’association entre la migraine et les troubles gastro-intestinaux fonctionnels a été confirmée par de nombreuses observations cliniques et études épidémiologiques. Chez la plupart des patients lors des crises de migraine, outre divers symptômes neurologiques et vasculaires, des troubles gastro-intestinaux apparaissent, notamment des nausées, des vomissements, des douleurs abdominales ou des diarrhées. Des troubles gastro-intestinaux fonctionnels, tels que le syndrome du côlon irritable (SCI), sont également signalés chez les patients migraineux entre les crises. D’autre part, 23 à 53 % des patients atteints du SII souffrent fréquemment de maux de tête. La migraine et le SCI coexistent souvent avec la fibromyalgie, d’autres syndromes de douleur chronique et des troubles fonctionnels. La migraine et le SII touchent environ 10 à 20 % de la population générale, généralement de jeunes adultes. Ces deux maladies sont plus répandues chez les femmes, peut-être en raison du rôle des œstrogènes dans leur pathogenèse. Dans la recherche des mécanismes pathogéniques communs au SII et à la migraine, le rôle de l’axe cerveau-intestin, des interactions neuro-immunitaires et neuroendocriniennes est envisagé. L’influence du stress sur l’apparition et la gravité des symptômes semble être associée à l’hyperactivité de l’axe hypothalamo-hypophyso-surrénalien. Le système nerveux entérique, source de nombreux neurotransmetteurs et de réflexes viscéraux, est un lien pathogénique commun plausible entre le SII et la migraine. En particulier, la sérotonine, qui est le principal neurotransmetteur du tractus gastro-intestinal, joue un rôle important dans la pathogenèse du SII et de la migraine. Aujourd’hui, les agonistes et les antagonistes des récepteurs sérotoninergiques sont les médicaments les plus efficaces pour le traitement du SII et de la migraine. Certains effets secondaires des triptans, agonistes 5-HT(1B/D), utilisés dans le traitement de la migraine peuvent être liés à l’influence des triptans sur les fonctions gastro-intestinales. Une meilleure compréhension de la relation entre la migraine et le SII pourrait aboutir à un traitement plus efficace des deux maladies.