Un argument fort selon lequel le nouveau rétrovirus humain XMRV n’est pas un contaminant de laboratoire est la constatation que l’ADN viral est intégré dans l’ADN chromosomique des tumeurs de la prostate. Pourquoi ce résultat constitue-t-il une preuve aussi forte de l’infection virale ?
L’établissement d’une copie intégrée du génome viral – le provirus – est une étape critique du cycle de vie des rétrovirus. L’ADN proviral est transcrit par l’ARN polymérase II cellulaire pour produire le génome ARN viral et les ARNm nécessaires pour compléter le cycle de réplication. Sans ADN proviral, la réplication rétrovirale ne peut pas se poursuivre.
Pour produire l’ADN proviral, le génome ARN rétroviral est converti en un ADN double brin par l’enzyme virale transcriptase inverse. Cette étape se déroule dans le cytoplasme. L’insertion spécific et efficient de l’ADN viral dans l’ADN de la cellule hôte est catalysée par une enzyme virale appelée intégrase. Cette enzyme reconnaît et entaille les deux extrémités de l’ADN viral, et les nouvelles extrémités 3′ sont ensuite jointes de manière covalente à l’ADN de l’hôte au niveau des entailles décalées réalisées par l’intégrase.
L’image ci-dessous montre certains des éléments caractéristiques de l’intégration rétrovirale. En haut, l’ADN linéaire non intégré du virus du sarcome/de la leucose aviaire produit par transcription inverse. À la fin de l’intégration, deux paires de bases (AA-TT) sont perdues aux deux extrémités, et un site cible de 6 pb dans l’ADN hôte (rose) est dupliqué de chaque côté de l’ADN proviral. La longueur de ce site cible varie de 4 à 6 pb selon les rétrovirus. L’ADN proviral (au milieu) se termine par la séquence conservée 5′-T G…C A-3′. Le provirus sert de matrice pour la production du génome ARN viral (en bas).
Pour identifier l’ADN proviral du XMRV, l’ADN génomique a été isolé à partir de tumeurs de la prostate, et l’ADN a été amplifié à l’aide d’une amorce qui s’est annelée dans le gène env viral, près de la LTR droite. Les analyses des séquences nucléotidiques des ADN amplifiés provenant de 14 9 patients différents ont montré la séquence virale CA attendue, suivie d’ADN humain. Cependant, l’autre signe cardinal de l’intégration rétrovirale – la duplication des séquences d’ADN de l’hôte flanquant le site d’intégration – n’a pas pu être confirmé, car seul le site d’intégration droit a été étudié.
L’isolement de l’ensemble de l’ADN proviral, y compris les deux sites d’intégration flanquants, chez des patients atteints du cancer de la prostate ou du syndrome de fatigue chronique serait une preuve supplémentaire que le XMRV est un virus qui infecte les humains.