Gaffigan a commencé sa carrière comme actrice de théâtre dans un théâtre régional et, en déménageant à New York, s’est produite dans des groupes de comédie à sketchs et de petites compagnies théâtrales où des dramaturges développaient des pièces originales. Gaffigan a fondé la compagnie de théâtre à but non lucratif Shakespeare on the Playground, qui se consacre à l’alphabétisation et à la production pour les jeunes des zones urbaines par le biais de la représentation de pièces complètes de Shakespeare. Elle a commencé à écrire et à produire des comédies avec son ami et futur mari Jim Gaffigan. Depuis, Gaffigan a aidé à écrire et à produire les 5 émissions spéciales de comédie de Jim, servant également de réalisateur de sa cinquième émission spéciale.
Gaffigan a coécrit une série animée appelée Pale Force, mettant en vedette Jim Gaffigan et Conan O’Brien, pour laquelle elle a reçu une nomination aux Emmy. Elle y a travaillé avec ses frères Paul Noth, un dessinateur du New Yorker, et Patrick Noth, un auteur et compositeur de comédie.
En 2013, Gaffigan a commencé à développer un pilote avec son mari intitulé The Jim Gaffigan Show. Après avoir travaillé avec NBC et CBS, l’émission a atterri à TV Land où Gaffigan a coécrit et produit de manière exécutive les 22 épisodes avec Jim. Elle a réalisé l’épisode final de la saison 2. En août 2016, Jim et Jeannie ont décidé de ne pas poursuivre la saison 3 de l’émission pour pouvoir passer plus de temps avec leur famille.
En juillet 2015, les Gaffigans sont apparus dans l’émission Ask Me Another de NPR, où Gaffigan a joué une version du Newlywed Game ; elle a obtenu toutes les bonnes réponses.
Depuis le 8 avril 2016, Gaffigan est apparu dans une campagne de marketing pour la Chrysler Pacifica 2017 mettant en vedette Jim Gaffigan et les enfants du couple.
En mars 2016, elle a reçu un Christopher Award pour l’épisode de la saison 1 du Jim Gaffigan Show, « Mon ami le prêtre ». Elle a également reçu le prix Eloquentia Perfecta de l’Université Fordham pour son travail dans le domaine de la télévision et des médias.
En mai 2016, les Gaffigans ont prononcé le discours de remise des diplômes à l’Université catholique d’Amérique. Les Gaffigans ont également prononcé le discours de remise des diplômes à l’alma mater de Gaffigan, l’université Marquette, le 20 mai 2018. Ils ont tous deux reçu un diplôme honorifique de docteur en lettres humaines dans le cadre de la cérémonie de remise des diplômes.
En juin 2018, les Gaffigan ont publié une courte vidéo écrite et réalisée par Gaffigan, avec Jim, Marre, Jack, Katie, Michael et Patrick Gaffigan, intitulée A Short Film by @JeannieGaffigan.