Un exemple précoce d’hypogée se trouve sur le site minoen de l’âge du bronze de Knossos en Crète. Hogan note que cette voûte souterraine avait la forme d’une ruche et était taillée dans la roche tendre. L’hypogée Ħal Saflieni à Paola, à Malte, est le plus ancien exemple d’hypogée préhistorique, la phase la plus ancienne datant de 3600-3300 avant J.-C. ; il s’agit d’un complexe de chambres, de salles et de passages souterrains couvrant environ 500 m2 sur trois niveaux, partiellement sculpté pour imiter l’architecture des temples et contenant une grande quantité d’art préhistorique. À Larnaka, à Chypre, la tombe Lefkaritis a été découverte en 1999.
Des hypogées ont également été découverts en Égypte dynastique, comme à la pyramide Mazghuna nord, à la pyramide Mazghuna sud et à la pyramide Saqqara sud. Les hypogées de l’ancienne Palmyre contenaient des loculi fermés par des dalles portant des reliefs de portraits sculptés, et des sarcophages avec des scènes de banquet familial sculptées sur leurs couvercles.
Les chrétiens ultérieurs ont construit des sanctuaires souterrains, des cryptes et des tombes similaires, qu’ils ont appelés catacombes. Mais ce n’était qu’une différence de nom, plutôt que de but et de rituels, et les recherches archéologiques et historiques montrent qu’ils étaient effectivement les mêmes. Werner Jacobsen a écrit :
Comme d’autres Romains ambitieux, les évêques-saints des troisième et quatrième siècles étaient généralement enterrés dans des hypogées dans les cimetières à l’extérieur des murs de leurs villes ; souvent, ce ne sont que les miracles sur leurs tombes qui ont poussé leurs successeurs à adopter des modèles plus modernes. À Dijon, le saint et évêque Benignus (mort vers 274) fut enterré dans un grand sarcophage dans une tombe à chambre du cimetière romain. Au sixième siècle, la tombe était depuis longtemps tombée en ruine et était considérée comme païenne, même par l’évêque Grégoire de Langres.