L’exutoire du lac Henrys est soumis à des rabattements importants dus aux dérivations d’irrigation pendant l’été. En fin de saison, lorsque les rabattements diminuent avec le temps plus frais, davantage d’eau est libérée dans le cours d’eau, permettant aux poissons de remonter de la section inférieure de la rivière. The Nature Conservancy parraine une station d’apprentissage près du ruisseau de sortie.
Au sud du lac de Big Springs, près de 500 000 gallons américains (1 900 m3) d’eau constante de 52 °F (11 °C) se déversent dans la rivière chaque jour. La rivière coule vers le sud à travers un haut plateau dans le nord du comté de Fremont, à travers la forêt nationale de Caribou-Targhee, et passe par le réservoir d’Island Park. Elle émerge du réservoir et traverse un canyon qui s’ouvre sur une large prairie plate dans la caldeira d’Island Park, au centre du comté de Fremont. La rivière passe lentement devant la ville d’Island Park, traverse le parc d’État de Harriman, également connu sous le nom de « Railroad Ranch », puis descend rapidement en s’approchant de la paroi de la caldeira, en passant par les chutes Upper Mesa et Lower Mesa, et émerge des montagnes dans la plaine de la Snake River près d’Ashton. Elle s’écoule vers le sud-ouest à travers la plaine, dépasse St. Anthony, et se divise en plusieurs canaux dans un large delta intérieur au nord de Rexburg. Elle reçoit la rivière Teton en provenance de l’est, à environ 8 km (5 miles) à l’ouest de Rexburg. Il rejoint la Snake par le nord-est à environ 10 miles (16 km) au sud-ouest de Rexburg, juste en dessous de 4 800 pieds (1 463 m).
Le réservoir d’Island Park, une composante du projet Minidoka, est utilisé pour l’irrigation dans la plaine de la Snake River. Son drainage fournit l’une des plus importantes pêcheries de truites arc-en-ciel de l’Idaho en termes d’habitat, de populations de poissons et d’utilisation par les pêcheurs à la ligne. La section de la rivière entre Henry’s Lake et Big Springs est une importante zone de frai pour la truite et est fermée à la pêche.
Henrys Fork est depuis longtemps réputée pour sa superbe pêche, notamment à la mouche sèche. Bing Lempke, un tuyauteur de la ville voisine d’Idaho Falls, était considéré comme le doyen local de la pêche, jusqu’à son décès en 1990.