Foraminifères – La base de données mondiale des Foraminifères

Nombre actuel d’espèces récentes valides enregistrées : 8 887
Nombre actuel d’espèces fossiles valides enregistrées : 40 130
Nombre actuel d’espèces totales valides (fossiles + récentes) enregistrées : 48 271

La base de données mondiale des foraminifères

Cette base de données mondiale de toutes les espèces de foraminifères jamais décrites (récentes et fossiles), fait partie du registre mondial des espèces marines (WoRMS), une initiative mondiale visant à fournir un registre de tous les organismes marins.

Recherche dans la base de données (fossiles et/ou récentes)

Le paramètre par défaut est de rechercher dans toute la base de données des espèces fossiles et récentes. Si vous souhaitez rechercher uniquement les taxons récents (vivants), cochez la case « extants » dans la fenêtre de recherche de taxons.

Qu’est-ce que les foraminifères ?

Les foraminifères (« porteurs de trous »), foraminifères ou forams pour faire court, sont un grand phylum de protozoaires amiboïdes (unicellulaires) avec des pseudopodes réticulés, de fins brins de cytoplasme qui se ramifient et fusionnent pour former un filet dynamique. Ils produisent généralement un test (ou coquille) qui peut avoir une ou plusieurs chambres, et sont constitués de carbonate de calcium (CaCO3) ou de grains minéraux ou d’autres particules collés ensemble. Les tests mesurent généralement moins de 0,5 mm, mais les plus grands peuvent mesurer jusqu’à 20 cm de diamètre. Les foraminifères font partie des groupes d’organismes les plus abondants et les plus importants sur le plan scientifique. Les tests des foraminifères planctoniques récemment morts sont si abondants qu’ils forment une épaisse couverture sur un tiers de la surface de la Terre (sous la forme de Globigerina ooze au fond des océans). Les foraminifères sont essentiellement des protozoaires marins et estuariens qui vivent dans tous les environnements, des plus grandes profondeurs jusqu’au plus haut niveau des marées astronomiques et de l’équateur aux pôles.

L’importance des foraminifères vient de l’utilisation de leurs tests fossiles en biostratigraphie, en étude des paléoenvironnements et en géochimie isotopique. Leur omniprésence dans la plupart des roches sédimentaires marines, souvent sous forme de grands assemblages diversifiés et bien préservés, a fait d’eux le groupe de fossiles le plus étudié au monde. Les foraminifères récents ayant suscité peu d’intérêt de la part des biologistes, les paléontologues ont été contraints d’entreprendre la plupart des études, notamment génétiques, sur la faune vivante.

Ce site a les objectifs suivants :

• de fournir un catalogue des espèces de foraminifères du monde
• de promouvoir la stabilité de la nomenclature des foraminifères
• de servir d’outil pour les révisions taxonomiques supérieures. et les monographies régionales

Classification supérieure

La liste des noms de groupes d’espèces actuellement acceptésnoms de groupes est complète à au moins 90% pour les espèces récentes, mais la taxonomie de nombreux taxons doit encore être révisée et les espèces nouvellement décrites seront ajoutées dès que possible après publication, une tâche qui sera entreprise en permanence par les rédacteurs. Les genres fossiles et les taxons supérieurs sont pour la plupart complets, mais l’ajout des espèces fossiles prendra de nombreuses années. Il n’y a pas actuellement de large consensus disponible pour la classification supérieure des Foraminifères. Ici, la classification donnée par Loeblich et Tappan (1987 et 1992) est principalement utilisée pour les taxons calcaires et Kaminski (2004) est suivi pour les taxons agglutinés, mais la classification supérieure des Foraminifères est en cours de révision et a été mise à jour pour se conformer aux résultats basés sur la séquence génétique à ce jour de Pawlowski et al. (2013) et Holzmann et Pawlowski (2017). D’autres résultats d’enquêtes phylogénétiques moléculaires en cours permettront, nous l’espérons, de stabiliser le système taxonomique à l’avenir.

• Holzmann, M. et Pawlowski, J. (2017). Une classification actualisée des foraminifères rotaliidés basée sur la phylogénie de l’ADN ribosomal. Marine Micropaleontology 132, 18-34.
• Kaminski, M. A. (2004). La classification de l’an 2000 des foraminifères agglutinés. In : M. K. Bubik, Ma. (ed). Proceedings of the Sixth International Workshop on Agglutinated Foraminifera. Publication spéciale de la Fondation Grzybowski. Pp. 237-255.
• Loeblich, A. R., et Tappan, H. (1987). « Les genres de foraminifères et leur classification ». Van Nostrand Reinhold, New York.
• Loeblich, A. R., et Tappan, H. (1992). État actuel de la classification des foraminifères. Dans « Studies in Benthic foraminifera. Actes du quatrième symposium sur les foraminifères benthiques, Sendai, 1990 ». (Y. Takayanagi, et T. Saito, Eds.), pp. 93-102. Tokai University Press, Tokyo.
• Pawlowski, J., Holzmann, M., Tyszka, J. (2013). Nouvelle classification supraordinaire des Foraminifères : les molécules rencontrent la morphologie. Marine Micropaleontology 100, 1-10

Comité directeur

Un comité directeur assure une surveillance internationale et favorise la compilation et la rationalisation de la base de données mondiale des foraminifères.

Les membres du comité directeur sont :

• Tomas Cedhagen, Danemark
• Peter Frenzel, Allemagne
• Bruce W. Hayward, Nouvelle-Zélande (organisateur)
• Martin Langer, Allemagne
• François Le Coze, France
• Briony Mamo, Hong Kong, Chine
• Willem Renema, Pays-Bas
• Daniel Vachard, France

Éditeurs

Saisie des données et prise de décisions taxonomiques dans les groupes dont ils ont la responsabilité :

• Hayward, Bruce : Foraminifères

• Encarnação, Sarita Camacho da : Foraminifères
• Le Coze, François : Foraminifères
• Mamo, Briony : Foraminifères
• Vachard, Daniel : Foraminifères

Les rédacteurs sont responsables des entrées, de la décision sur la validité des noms. Les corrections et omissions peuvent être adressées à l’un ou l’autre des éditeurs.

L’acceptation d’une espèce dans la base de données est une décision éditoriale, mais nous reconnaissons que de telles décisions doivent être réexaminées fréquemment à la lumière de nouvelles informations. Si vous n’êtes pas d’accord avec les décisions de synonymie senior ou les assignations de genre, veuillez nous faire part de votre assignation bien argumentée-corrigée. Seuls les rédacteurs peuvent ajouter ou modifier les données, mais n’importe qui peut télécharger des images avec des identifications et des informations de localisation, bien que cela sera vérifié et pourra être modifié par les rédacteurs

Histoire de la base de données mondiale des foraminifères

La base de données mondiale des foraminifères a commencé comme la liste européenne des espèces récentes compilée par Tomas Cedhagen et Onno Gross. S’y sont ajoutées en 2010 la liste des espèces récentes du Golfe du Mexique compilée par Barun Sen Gupta et ses collègues et la liste des espèces modernes de Nouvelle-Zélande compilée par Bruce Hayward et ses collègues.

• Gross, O. (2001). Foraminifères, dans : Costello, M.J. et al. (Ed.) (2001). Registre européen des espèces marines : une liste de contrôle des espèces marines en Europe et une bibliographie des guides pour leur identification. Collection Patrimoines Naturels, 50 : 60-75.
• Hayward, B.W., Tendal, O.S., Carter, R., Grenfell, H.R., Morgans, H.E.G., Scott, G.H., Strong, C.P., Hayward, J.J. (2012). Phylum Foraminifera. Foraminifères et Xénophyophores. In : Gordon, D.P. (ed.). Inventaire de la biodiversité en Nouvelle-Zélande : A Species 2000 Symposium Review. Canterbury University Press,. Christchurch. Pp. 242-287
• Sen Gupta, B.K., Smith, L.E., Machain-Castillo, M.L. (2009). Foraminifères du Golfe du Mexique, Pp. 87-129 in Felder, D.L. and D.K. Camp (eds.), Gulf of Mexico-Origins, Waters, and Biota. Biodiversité. Texas A&M Press, College Station, Texas.

Depuis lors, des enregistrements ont été ajoutés à partir du catalogue de foraminifères récents de Johannes Pignatti, de nombreux atlas majeurs de foraminifères récents et de la sortie du catalogue de foraminifères d’Ellis et Messina. Nous sommes conscients que de nombreux taxons décrits depuis 1980 doivent encore être trouvés et ajoutés

Qui a décrit le plus grand nombre d’espèces de Foraminifères récents ?

• McCulloch – 2429
• Cushman – 1134
• D’Orbigny – 691
• Brady – 398
• Saidova – 394
• Earland – 306

Bibliothèque de littérature

La bibliothèque de littérature contient actuellement ~9000 références, beaucoup de travaux plus anciens sont disponibles sous forme de PDFs scannés.

Photogalerie

La photogalerie contient actuellement ~6000 images liées à des fiches d’espèces, principalement saisies par Tomas Cedhagen à partir du volume Challenger de Brady et des monographies de Cushman, mais aussi d’autres monographies.

Tâches à faire

Le comité de pilotage a identifié les tâches suivantes qui pourraient être entreprises pour améliorer l’utilité et la valeur de la base de données Forams in WoRMS. Les tâches ont été assignées à l’une des trois listes de priorités perçues. Nous invitons tout travailleur qui souhaite rendre cette base de données plus utile en contribuant à l’une des tâches ci-dessous sur une base volontaire, à contacter le président du comité de pilotage, Bruce Hayward par courriel.

1. Première priorité

• Réaliser une saisie de 100% de tous les noms taxonomiques de foraminifères formellement proposés. .
• Ajouter tous les nouveaux taxons au fur et à mesure qu’ils sont proposés.
• Mettre à jour la taxonomie supérieure au fur et à mesure qu’elle est révisée sur la base de preuves moléculaires.
• Mettre à jour la taxonomie et les synonymies des taxons à mesure que de nouvelles études moléculaires et morphologiques complètes sont publiées.
• Réaliser une couverture de 100% pour les images de types ou de spécimens vérifiés de tous les taxons existants acceptés

2. Deuxième priorité

• Vérifier toutes les entrées antérieures à 2010 pour s’assurer qu’elles ne contiennent plus d’erreurs.
• Négocier des liens vers des images/descriptions taxonomiques réputées disponibles sur des sites web institutionnels (à longue durée de vie).
• Atteindre une couverture de 100% pour les images de types ou de spécimens vérifiés de tous les taxons fossiles acceptés.
• Assigner tous les taxons fossiles à au moins une ou plusieurs des périodes suivantes : Paléozoïque, Trias, Jurassique, Crétacé, Paléogène, Néogène.
• Fournir un lien sur le web ou charger sur WoRMS une copie de toutes les publications qui décrivent de nouveaux taxons de foraminifères.
• Utiliser la base de données Forams in WoRMS literature sources (actuellement 11 000 entrées) comme point de départ pour développer une bibliographie complète des publications mondiales sur les foraminifères.

3. Troisième priorité

• Donner des plages temporelles connues (plus précises que les périodes) à tous les taxons fossiles.
• Avoir des données de distribution géographique mondiale pour toutes les espèces existantes.
• Avoir une couverture de distribution géographique mondiale pour toutes les espèces fossiles.

Liens vers d’autres sites de foriminifères

Pour aider le débutant ou le non-spécialiste, nous fournissons ici une sélection de liens vers des sites web de foraminifères pour plus d’informations.

• Glossaire illustré des termes utilisés dans la recherche sur les foraminifères http://paleopolis.rediris.es/cg/CG2006_M02/index.html
• Techniques de préparation des échantillons pour l’étude des foraminifères en classe http://www.ucmp.berkeley.edu/fosrec/Snyder&Huber.html
• Foram Facts http://www.ucmp.berkeley.edu/fosrec/Wetmore.html
• Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Foraminifera
• Références sur les foraminifères http://www.es.ucl.ac.uk/Grzybowski/foramrefs.htm.
• Fondation Cushman pour la recherche sur les foraminifères http://www.cushmanfoundation.org/
• Fondation Grzybowski http://www.es.ucl.ac.uk/Grzybowski/
• Société de micropaléontologie http://www.tmsoc.org/
• Musée de paléontologie de l’Université de Californie – Introduction aux foraminifères http://www.ucmp.berkeley.edu/foram/foramintro.html
• University College, Londres – Foraminifères http://www.ucl.ac.uk/GeolSci/micropal/foram.html
• Chronos foram atlas en ligne http://portal.chronos.org/gridsphere/gridsphere?cid=resources
• The Foraminifera.eu http://www.foraminifera.eu/
• E-formas http://www.eforams.org
• Base de données moléculaires des foraminifères http://forambarcoding.unige.ch/
• Biographie de Joseph Cushman http://paleobiology.si.edu/cushman

Citation

L’utilisation des données de la base de données mondiale des foraminifères dans les publications scientifiques doit être reconnue en citant comme suit :

• Hayward, B.W. ; Le Coze, F. ; Vachard, D. ; Gross, O. (2021). Base de données mondiale des foraminifères. Consulté à http://www.marinespecies.org/foraminifera le 2021-03-25. doi:10.14284/305

Si les données de la World Foraminifera Database constituent une proportion substantielle des enregistrements utilisés dans les analyses, il convient de contacter le ou les éditeurs en chef de la base de données. Il peut y avoir des données supplémentaires qui peuvent s’avérer précieuses pour de telles analyses.
Les pages individuelles sont signées et datées individuellement. Elles peuvent être citées séparément : la citation appropriée est fournie au bas de chaque page.

A propos de

La liste mondiale est un catalogue consultable de noms d’espèces et de taxons supérieurs.

La navigation dans ce catalogue commence par un clic sur l’un des choix du menu, que l’on trouve en haut de chaque page

• Introduction vous mènera à cette section d’introduction
• Recherche de taxons mènera à une page de requête par laquelle toutes les pages de taxons sont accessibles
• Parcourir les taxons mènera à un arbre taxonomique
• Liste de contrôle mènera à une page de requête dans laquelle un géounit peut directement être choisi si le nom exact de l’unité est déjà connu. De cette façon, une liste de taxons pour une zone donnée peut être trouvée rapidement.
• Attributs mènera à une page pour interroger (principalement) les plages de fossiles
• Statistiques quelques statistiques sur la base de données mondiale des Foraminifères
• Sources mènera à une page d’interrogation pour les références de la littérature sur les Foraminifères.
• Images mènera à une galerie de photos avec des images
• Login seulement disponible pour les éditeurs.

Pour chaque espèce de foraminifère ou taxon infraspécifique, accepté ou non, il peut y avoir les entrées suivantes :

1. nom du genre
2. le nom du sous-genre, le cas échéant,
   N.B. les noms de sous-genre ne doivent pas être cités à tout moment selon l’ICZN ; l’acceptation de combinaisons sans nom de sous-genre est considérée comme une « représentation alternative » dans la base de données.
3. le nom de l’espèce
4. le nom infraspécifique, le cas échéant
5. l’auteur et l’année du nom de l’espèce, sans ou avec parenthèses selon qu’il s’agit de la combinaison originale ou non
6. L’AphiaID (un identifiant numérique unique de la base de données)
7. La classification supérieure (selon Loeblich et Tappan, 1990, 1992)
8. Le statut ‘accepté’ ou ‘non accepté’ (le cas échéant ; La synonymie junior est généralement basée sur la révision publiée)
9. Le statut de l’enregistrement (indique qui a vérifié l’enregistrement)
10. Le rang du taxon, par ex.par exemple l’espèce
11. Parent : taxon immédiatement supérieur, par exemple le genre, auquel appartient le présent taxon
12. Taxons synonymisés : la liste des synonymes juniors liés au présent nom
13. Sources : référence bibliographique de la description originale et, le cas échéant, d’une révision récente (en tant que « base du relevé »).
14. Taxons enfants : tous les taxons subordonnés immédiats, par exemple les sous-espèces
15. Environnement : marin ou saumâtre
16. Essaimage fossile : récent seulement ou également connu comme fossile (bientôt des échelles d’époques seront disponibles)
17. Distribution : indication de la distribution géographique récente du taxon, au moins sur la base de l’origine de l’holotype,
    Différents géounits peuvent être indiqués, de préférence l’écorégion marine (voir Spalding et al. 2007), mais fréquemment aussi la zone économique exclusive du pays. Les zones de distribution des synonymes juniors sont automatiquement indiquées avec chaque ‘espèce acceptée’
18. Spécimen : information sur le spécimen type, ou information sur le spécimen publié
19. Liens : vers d’autres ressources de foraminifères, vers des images et d’autres informations sur des serveurs spécifiques. Les liens généraux actuels sont : Genbank, etc.
20. Notes : toute autre information pertinente, y compris des descriptions, des commentaires, des explications, etc.
21. Images : photos ou autres images téléchargées sur le site
    Nous préférons des images ‘objectives’ des taxons, telles que des photos ou des illustrations de spécimens types. Nous n’encourageons pas les photos de foraminifères non identifiés, mais les images libres de droit identifiées de manière fiable sont les bienvenues.
22. NotationLSID : (similaire à l’ISBN dans les publications)
23. Historique de modification : date d’entrée et modifications apportées, nom de l’éditeur
24. Liens vers un arbre taxonomique, Google, Google Scholar et Google images.

Les notices sur les taxons supérieurs ont généralement la même structure que celles des espèces. Tous les éléments ci-dessus n’existent pas encore pour tous les taxons entrés dans la base de données, mais ils seront ajoutés au fur et à mesure que le temps le permettra.

Ce que vous pouvez faire avec cette base de données à l’heure actuelle est de trouver quelle est la combinaison actuellement acceptée de votre foraminifère sujet, quelle est son affiliation au taxon supérieur actuellement acceptée, et d’où il a été décrit à l’origine. Vous pouvez également vérifier quelles espèces acceptées se retrouvent dans un taxon supérieur. Ce que vous ne pouvez pas (encore) faire, c’est trouver toutes les combinaisons publiées des noms de genre et d’espèce, car nous avons jusqu’à présent donné la priorité aux combinaisons originales et aux combinaisons actuellement acceptées (les combinaisons non originales et non acceptées font donc souvent défaut). Ce que vous ne pouvez pas non plus faire de manière exhaustive, c’est retracer la répartition des espèces et des taxons supérieurs ou extraire des listes régionales d’espèces, car il n’y a pas encore de cohérence dans les données saisies dans le monde entier.