Le poème Flannan Isle est cité par Tom Baker dans le rôle du Docteur à la fin de l’histoire de Doctor Who Horror of Fang Rock, qui se déroulait dans un phare et impliquait une explication extraterrestre de la tragédie qui frappait les trois gardiens qui s’y trouvaient et les survivants d’un naufrage.
Pour l’album Chansons des mers froides de 1994, le producteur français Hector Zazou a adapté un extrait du poème Flannan Isle en une chanson intitulée The Lighthouse. La voix principale a été interprétée par Siouxsie Sioux de Siouxsie and the Banshees, et les chœurs ont été assurés par une femme chamane Nanai.
La chanson de Genesis The Mystery of Flannan Isle Lighthouse (sur Archive 1967-75) est basée sur l’incident, tout comme l’opéra The Lighthouse de Peter Maxwell Davies.
Le roman Some Strange Scent of Death d’Angela J. Elliott tire son nom d’un vers du poème et raconte la disparition des gardiens du phare.
L’histoire principale du jeu vidéo Dark Fall II : Lights Out contient des personnages et des lieux liés à l’incident.
Le film à suspense écossais The Vanishing de 2018 se déroule dans les îles Flannan.