La protection immunitaire chez les vertébrés est assurée par un double système : la réponse immunitaire cellulaire, médiée par les lymphocytes T et la réponse immunitaire humorale, médiée par les lymphocytes B. Ces lymphocytes développent une immunocompétence dans les organes lymphoïdes primaires : le thymus, pour les lymphocytes T et la bourse de Fabricius (chez les oiseaux), sur son équivalent (chez les mammifères), pour les lymphocytes B. La période cruciale durant laquelle le thymus et la bourse influencent le développement immunologique est la vie embryonnaire et le début de la vie postnatale. Les cellules souches hématopoïétiques se logent dans ces organes lymphoïdes primaires au cours de périodes de colonisation bien définies. Sous l’influence des micro-environnements thymique et bursal, elles s’orientent respectivement vers la voie de différenciation des cellules T ou B. Ils acquièrent divers antigènes membranaires et un récepteur d’antigène. Les lymphocytes T apprennent également à reconnaître des auto-antigènes (antigènes codés par le complexe majeur d’histocompatibilité). Les lymphocytes T et B colonisent ensuite les zones respectivement T-dépendantes et B-dépendantes des organes lymphoïdes secondaires où ils deviennent fonctionnels. Certains déficits immunitaires résultent d’un défaut de développement qui peut affecter sélectivement les lymphocytes T ou B ou les deux systèmes en cas de déficit immunitaire combiné sévère.