Stockage des tissus FFPE
Les échantillons FFPE peuvent être stockés dans des hôpitaux, des biobanques et des centres de recherche. Les installations de stockage conservent souvent des dossiers sur la façon dont les tissus ont été collectés, les procédures de conservation et les informations démographiques (telles que, mais sans s’y limiter : l’origine, la durée, l’âge, l’ethnie, le sexe et le stade de la maladie) du donneur. Les informations démographiques sont un facteur important dans la recherche et les essais cliniques. Les échantillons FFPE qui sont correctement conservés sont très précieux et peuvent être stockés à température ambiante pendant une longue période.
Applications
Les échantillons FFPE sont importants car ils sont souvent utilisés pour :
a) Immunohistochimie
Les échantillons FFPE sectionnés sont montés sur une lame, baignent dans une solution contenant des anticorps, puis sont colorés afin qu’ils soient plus clairement visibles. Cette méthode est importante pour les médecins et les chercheurs qui recherchent une pathologie dans les tissus, comme la maladie d’Alzheimer ou le cancer.
b) Oncologie
Les échantillons FFPE sont essentiels dans le domaine de l’oncologie car les tissus tumoraux ont des morphologies caractéristiques permettant aux chercheurs de rechercher certaines protéines. Ces protéines sont ensuite utilisées pour aider à l’évaluation du traitement et du diagnostic.
c) Hématologie
Dans l’étude du sang et de ses troubles, les échantillons FFPE sont importants pour déterminer les anomalies et la découverte de remèdes. Les spécimens peuvent être utilisés dans des études liées à la régénération des tissus, à la génétique et à la toxicologie.
d) Immunologie
Les échantillons FFPE provenant d’un donneur atteint d’une maladie auto-immune aident à déterminer la cause et à développer une thérapie pour cette affection.
Complications ou limites
L’une des limites possibles du processus de fixation utilisant le formol est la dénaturation potentielle des protéines présentes dans le tissu, les rendant indétectables par les anticorps. Pour compenser ce problème, des techniques de récupération d’antigènes ont été développées. La technique de récupération d’antigène récupère spécifiquement l’ADN, l’ARN et les protéines des échantillons FFPE. Pour que cette méthode fonctionne, la qualité des échantillons FFPE est essentielle. Il n’existe pas non plus de procédure standard à utiliser pour le traitement préanalytique, comme la fixation et l’isolement de l’ADN. Cela signifie que des différences mineures, telles que l’utilisation différente des instruments, la manipulation des échantillons et la méthodologie, peuvent entraîner des variations qui affectent la qualité de l’ADN et les résultats de l’étude. Certains des facteurs qui ont été trouvés pour affecter les résultats des études à partir d’échantillons FFPE sont :
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L’enregistrement imprécis du protocole de fixation
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Variation du temps de fixation
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Température pendant la fixation
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Conditions de stockage des échantillons FFPE
Contrôle de la qualité
Pour garantir la plus haute qualité des échantillons FFPE, les personnes qui collectent et stockent ces échantillons doivent :
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Suivre les normes éthiques et légales.
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Tenir un registre clair et précis des donneurs.
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Fournir des informations concernant le processus d’échantillonnage et de collecte
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Être supervisé par un pathologiste agréé pendant la collecte d’échantillons
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Avoir une chaîne de garde complète
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Travailler seulement avec un réseau de distributeurs soigneusement sélectionnés qui fournissent constamment des échantillons précis et de haute qualité
Tissus fraîchement congelés
Les tissus fraîchement congelés sont des spécimens qui sont préservés à l’aide d’azote liquide par une méthode connue sous le nom de « congélation instantanée ». Ces spécimens sont ensuite stockés dans un congélateur réglé à une température inférieure à -80 degrés Celsius. Les tissus frais congelés ont des applications différentes de celles des échantillons FFPE, car ils peuvent être utilisés pour des études de morphologie native ou des analyses moléculaires également.
Échantillons FFPE vs. tissus frais congelés
Les échantillons FFPE et les tissus frais congelés ont leurs avantages et leurs inconvénients. Ce sont deux types d’échantillons différents qui ont des utilisations différentes dépendant des exigences de la recherche ou de l’étude clinique.
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Les blocsFFPE sont très durs et peuvent être facilement stockés à température ambiante pendant des décennies sans avoir besoin d’équipement spécial, ce qui rend ce type d’échantillon de tissu très rentable.
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Il existe une grande archive d’échantillons FFPE disponibles pour les chercheurs en raison de la facilité associée à son stockage.
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Les spécimensFFPE ont été utilisés pendant des décennies, ce qui les rend incroyablement familiers aux pathologistes.
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Les tissus frais congelés sont beaucoup plus adaptés à l’analyse des protéines natives, à la réaction en chaîne par polymérase et au séquençage de l’ADN de nouvelle génération.
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Les tissus frais congelés garantissent la préservation de l’ADN, de l’ARN et des protéines natives.
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Les tissus frais congelés nécessitent un équipement spécialisé pour leur stockage. Cela signifie que les défaillances mécaniques, les pannes de courant et le manque de soin peuvent affecter la qualité des échantillons.
1) Ward T. The importance of proper formalin fixation of FFPE samples. Personalis. Consulté le 19 juin 2018. https://www.personalis.com/importance-proper-formalin-fixation-ffpe-specimens/
2) Doiron L. 5 règles de contrôle de qualité pour les banques de tissus cancéreux. Folio Conversant . Consulté le 19/06/2018. http://www.conversantbio.com/blog/bid/339034/5-Quality-Control-Rules-for-Cancer-Tissue-Banks
3) FFPE vs échantillons de tissus congelés. BioChain. Consulté le 19/06/2018. https://www.biochain.com/general/ffpe-vs-frozen-tissue-samples/
4) Qu’est-ce qu’un tissu FFPE et quelles sont ses utilisations. BioChain. Consulté le 19/06/2018. https://www.biochain.com/general/what-is-ffpe-tissue/