ApE est un éditeur de séquence propriétaire utilisant un format GenBank modifié pour enregistrer les séquences. Le logiciel peut être utilisé pour l’assemblage de traces de séquençage, les digests virtuels, l’annotation des séquences et la représentation schématique des séquences. Il a été créé et est maintenu par Wayne Davis de l’Université de l’Utah. La version stable actuelle, en date de juin 2010, est la 1.17 et le logiciel fonctionne sous Windows, Mac et Unix. Le logiciel est gratuit mais les dons sont encouragés.
Caractéristiques
OS, format de données
- fonctionne sous Windows, OS X et Linux/Unix
- importe DNA Strider, Fasta, Genbank, EMBL et ABI traces de séquences
- enregistre les données dans un format de fichier Genbank modifié (compatible avec DNA Strider)
- exporte la table de caractéristiques BankIt pour la soumission de séquences au NCBI GenBank
- exporte des fichiers graphiques de diagrammes de séquences
Balisage et outils de séquences
- présents.tables de caractéristiques extensibles existantes qui peuvent être utilisées pour l’annotation automatique
- de la séquence, e.par exemple pour les amorces, les sondes ou les sites de restriction
- signalement des sites de restriction et des régions dans la séquence et dans un simple dessin animé
- montre la traduction, Tm, %GC, ORF de l’ADN sélectionné
- BLAST séquence sélectionnée à NCBI ou wormbase
- digestion virtuelle, y compris le diagramme de gel
L’auteur est très réactif et a intégré une option d’exportation BankIt, je l’ai suggéré, en quelques jours. –JS 05:50, 30 juin 2010 (EDT)
Il y a un bug sérieux affectant la fonction d’alignement dans les versions récentes d’ApE (je l’ai rencontré dans 2.0.39 – 2.0.45 au moins, peut affecter toutes les versions 2.0.X ?) publiées au cours des ~12 derniers mois, y compris la version actuelle (2.0.45). Dans certains cas, lorsque les séquences diffèrent par un seul indel de paire de bases, l’alignement produit par ApE est incorrect et les résidus qui ne correspondent pas ne sont pas surlignés en rouge comme prévu. Cela peut rendre très facile de manquer de petites délétions lors de la vérification de vos données de séquençage par rapport à la séquence attendue. Ce problème devrait être corrigé dans la version 2.0.46 qui doit encore être publiée. Voir le rapport de bogue ici (« Misalignment of sequences with indels (sometimes) »). A utiliser avec précaution ! –Damian Ekiert 12:19, 22 Février 2013 (EST). La version actuelle, v2.0.46, n’a pas ce problème, dit le rapport de bogue — JM 9/2013
Liens vers la page d’accueil d’ApE
- Page d’accueil de l’éditeur de plasmide d’ApE & téléchargements
- ApE wiki pour les questions, les réponses, les demandes de fonctionnalités, les rapports de bogues, etc.
- téléchargement des dernières versions preview (alphas)
Voir aussi
- ApE review at softpedia
- Un tutoriel OWW utilisant ApE
- Wikiomics:Bioinfo tutorial#DNA sequence processing
- Biosoftware for Mac
- Sequence analysis
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