Tout ce qui est aujourd’hui Allston faisait partie de Brighton. En 1807, la ville s’est séparée de Cambridge. Allston n’a jamais existé en tant qu’entité politique distincte à part entière. La ville de Brighton a été annexée à la ville de Boston en 1874. En 1868, un nouveau bureau de poste et une ligne de chemin de fer ont été créés dans la partie ouest de Brighton. Ils ont été nommés Allston, d’après Allston Washington, un peintre qui avait vécu et travaillé de l’autre côté de la Charles River dans la section Cambridgeport de Cambridge.
Allston a prospéré rapidement grâce à l’élevage de bétail et à la construction du chemin de fer. Cependant, l’élevage s’est arrêté au milieu du 20e siècle. Allston est connu comme l’une des rares communautés des États-Unis à porter le nom d’un artiste.
Les Boston Patriots (maintenant les New England Patriots) de la National Football League ont joué une saison à Allston (en 1970), au Harvard Stadium. Les Boston Braves ont joué au Braves Field (aujourd’hui le Boston University Nickerson Field) de 1915 à 1952.