Thomas Jefferson s’inscrit à William & Mary le 25 mars 1760, à l’âge de 16 ans. Il avait reçu son éducation précoce de tuteurs à la maison et, plus tard, en tant que pensionnaire dans des écoles enseignées par des ecclésiastiques anglicans. Lorsqu’il arrive à Williamsburg, le jeune érudit maîtrise les classiques et est capable de lire les auteurs grecs et latins dans l’original, une pratique qu’il poursuivra toute sa vie.
En plus de l’école de philosophie – le cours collégial auquel Jefferson s’est inscrit – William & Mary comprenait une école de grammaire pour les garçons âgés d’environ 12 à 15 ans ; l’école de théologie, où les jeunes hommes ayant terminé leurs études à l’école de philosophie seraient préparés à l’ordination dans l’Église d’Angleterre ; et l’école indienne, fondée pour l’éducation et la christianisation des garçons indiens.
Jefferson logeait et était pensionnaire chez William & Mary dans le bâtiment connu aujourd’hui sous le nom de Sir Christopher Wren Building, assistant aux repas communs dans le Grand Hall et aux prières du matin et du soir dans la chapelle. Il a reçu des cours de philosophie naturelle (physique, métaphysique et mathématiques) et de philosophie morale (rhétorique, logique et éthique). Étudiant passionné et assidu, il faisait preuve d’une curiosité avide dans tous les domaines et, selon la tradition familiale, il étudiait fréquemment 15 heures par jour. Son plus proche ami de collège, John Page de Rosewell, a rapporté que Jefferson « pouvait s’arracher à ses amis les plus chers, pour voler vers ses études. »
A William &Mary, Jefferson a reçu l’enseignement de William Small. Un Écossais qui avait été éduqué au Marischal College d’Aberdeen, Small avait été nommé professeur de philosophie naturelle en 1758. Peu après l’arrivée de Jefferson, Small assume également les fonctions d’enseignant de philosophie morale lorsque cette chaire est laissée vacante par le départ de Jacob Rowe. Small a présenté à Jefferson les écrits de Locke, Bacon et Newton, et a éveillé un intérêt pour la science chez le jeune étudiant enthousiaste.
C’était une période turbulente dans l’histoire de W&M, une période caractérisée par des troubles politiques, une discipline en déclin et des tensions entre la faculté et le conseil des visiteurs. Néanmoins, Jefferson s’épanouit sous la tutelle de Small. Il écrira plus tard : » Ce fut ma grande chance, et ce qui a probablement fixé les destinées de ma vie, que le Dr William Small d’Écosse soit alors professeur de mathématiques, un homme profond dans la plupart des branches utiles de la science, avec un heureux talent de communication, des manières correctes et gentleman et un esprit élargi et libéral. »
Le cours d’études de Jefferson à W&M a duré deux ans, et il a ensuite étudié le droit pendant les cinq années suivantes sous la direction de George Wythe, le juriste distingué qui allait devenir le premier professeur de droit à William &Mary en 1779. Jefferson se référait à Wythe comme « mon plus ancien et meilleur ami », ajoutant que « c’est à lui que je dois les premières impressions qui ont eu l’influence la plus salutaire sur le cours de ma vie ». Par l’intermédiaire de Wythe et Small, Jefferson rencontre le gouverneur Francis Fauquier, et il se joint fréquemment aux trois hommes plus âgés lorsqu’ils dînent ensemble au Governor’s Palace. Jefferson – qui disait que la musique était » la passion favorite de mon âme » – était également invité à participer aux musicales du Palais, en jouant du violon ou du violoncelle.
Dumas Malone, biographe de Jefferson au XXe siècle, a écrit que l’histoire des journées d’études de Jefferson à Williamsburg » est l’histoire de la… première floraison d’un esprit extraordinaire. » En tant qu’étudiant à William &Mary, le jeune Jefferson disposait d’un point de vue idéal pour observer et être enseigné par les dirigeants de la colonie alors qu’il se préparait à prendre sa place parmi eux.