Přibližně 1000 let př. n. l. se v této oblasti usadily velké skupiny lidí. Byli to Umbrijci. Žili v malých opevněných vesnicích na vyvýšených místech. Od roku 450 př. n. l. byly vesnice Umbrijců zabrány Etrusky. Římané pak ovládli střední Itálii v bitvě u Sentina v roce 295 př. n. l. Srovnali část půdy do teras (širokých stupňů) a na úbočí hory Subasio vybudovali velké město Asisium. Z tohoto města se stalo Assisi. V Assisi jsou dodnes k vidění některé stavby z římských dob. Patří k nim hradby, hlavní náměstí a chrám bohyně Minervy, v němž se dnes nachází kostel Santa Maria sopra Minerva.
V roce 238 n. l. se všichni obyvatelé Assisi stali křesťany díky učení biskupa Rufina. Ten byl umučen. Předpokládá se, že jeho tělo je pohřbeno pod katedrálním kostelem San Rufino v Assisi.
V roce 545 zničili Ostrogóti krále Totila většinu města. Poté Assisi ovládli Lombarďané, kteří přišli ze severu Itálie, a poté franští vládci.
V 11. století (1000. léta) se Assisi stalo svobodným městem. Neustále zde však probíhaly boje mezi dvěma skupinami, které se nazývaly ghibellini a guelfové. Assisi podporovalo především ghibelliny, ale nejbližší velké město Perugia podporovalo guelfy. Během bitvy u Ponte San Giovanni (most svatého Jana) se guelfům z Perugie podařilo zajmout mladíka z Assisi. Jmenoval se Francesco di Bernardone. Částečně i díky zážitkům ze zajetí se mladý Francesco rozhodl, že přestane být vojákem. Když se vrátil do otcova domu, odložil všechno své bohatství a stal se chudým potulným kazatelem, který lidem říkal, aby se obrátili k Bohu a žili mezi sebou v míru. Pracoval s chudými a odstrčenými lidmi. Neměli žádný kostel kromě zříceniny. Svatý František se svými přáteli přestavěl maličký rozpadlý kostelík, aby se v něm mohli pastýři a další chudí lidé modlit. Říká se mu „Porziuncola“. Francesco (František) založil řád františkánů. V roce 1228 byl „kanonizován“ (prohlášen za svatého) a je znám jako svatý František. Je jedním z nejoblíbenějších světců.
Na úbočí hory byl na počest svatého Františka postaven velký bazilikální kostel, který je nádherně vyzdoben výjevy z jeho života. Jedna z nejznámějších scén zobrazuje příběh svatého Františka, jak káže ptákům. V roce 1997 zasáhla Assisi dvě zemětřesení. Část střechy baziliky se propadla, zabila čtyři lidi, kteří stáli dole, a poškodila malovaný strop. Mnoho lidí „přispělo“ (dalo peníze) na opravu budovy, která byla po necelých dvou letech znovu otevřena.
.