Fysiografi
Vistulaflodens lopp består av tre huvuddelar som avgränsas av floderna San och Narew, de två mest framträdande bifloderna. Det övre loppet sträcker sig från källan till den plats där San flyter samman med sin moderflod nära Sandomierz; dess längd är cirka 240 mil. Det mellersta loppet, från San-flodens mynning till Narew-flodens mynning nordväst om Warszawa, är cirka 170 mil långt. Slutligen omfattar det nedre loppet, som sträcker sig till Östersjön, 240 sjömil från Narews mynning till mynningen av mynningen i Gdanskbukten.
I sitt övre lopp är Vistula en bergsström med en brant lutning på upp till 5 procent. Dess huvudsakliga källor är Czarna Wisełka och Biała Wisełka, två bäckar som möts för att bilda Mała Wisła (”lilla Vistula”), som sedan rinner norrut. Ungefär 25 mil längre fram minskar flodens lutning plötsligt till cirka 0,04 procent; därifrån, efter att ha svängt österut, går Vistula in i sjön Goczałkowice, en konstgjord lagringsbassäng som byggdes 1955. Efter att ha lämnat sjön antar Vistula karaktären av en låglandsbäck, med en gradient som minskar till 0,03-0,02 procent i de mellersta delarna och till 0,02-0,002 procent i de sista delarna. På ett avstånd av 65 miles från källan förenas Vistula med floden Przemsza, en biflod på vänster sida, varefter den är farbar i 585 miles. Efter att Soła och Skawa – två bifloder på höger sida – ansluter sig till floden, tvingar sig Vistula fram genom en öppning i en bergskedja strax före staden Kraków. Förbättringar av kanalen i detta avsnitt har berövat Vistula en stor del av dess ursprungliga karaktär: flera överfallsstegar har byggts, vilket har skapat en kanal som kan trafikeras av pråmar på 300 ton. Efter att ha passerat Kraków svänger Vistula österut och senare nordost och korsar det breda Sandomierzbäckenet, där dalen successivt förs in av bifloderna Szreniawa, Nida, Czarna och Koprzywianka på vänster sida och från höger av floderna Raba, Dunajec, Wisłoka och San.
San-flodens inflöde markerar början på Weichselns mellersta lopp, som sedan vänder sig norrut och bryter ytterligare en klyfta genom ett höglandsområde. Under loppet av sitt mellersta lopp absorberar Weichsel från vänster Radomka och Pilica och från höger floderna Wieprz, Wilga, Świder och Narew. Nedanför sammanflödet med Narew, där flodens nedre lopp börjar, svänger Vistula först åt väster och sedan, efter att ha tagit emot Bzura, en biflod på vänster sida, i nordvästlig riktning; från höger ansluter sig Skrwa och Drwęca till floden. I en del av dalen, från Wieprz-flodens mynning till Toruń, dominerar Weichselns naturliga, otämjda karaktär.
Här rinner floden i en kanal som är 2 000 till 4 000 fot bred, praktiskt taget utan kontrollerande konstruktioner; i vissa delar når dalen bredder på upp till sex till nio mil, och bankerna är ofta 200 till 330 fot höga. På våren, när istäcket bryts upp och flyter nedströms, kan det bildas farliga isdammar som orsakar översvämningar av omgivande områden och ofta förstör banvallar och broar. Ett överfallssteg som byggdes vid Włoclawek 1968 inledde en rad förbättringar som fortsatte fram till 1980-talet.
Från Toruń till dess mynning i Östersjön har Vistula förvandlats till en helt förbättrad vattenväg. Bydgoszcz-kanalen från 1800-talet, som följer en gammal glaciärdal, förbinder Weichsel med Oder, den näst största av de polska floderna. Också i närheten av Bydgoszcz vänder sig Weichsel, efter att ha fått ett biflöde på vänster sida i Brda, mot nordost i sitt tredje gapavsnitt, som skär genom det pommerska höglandet. Ovanför Grudziądz vänder floden slutligen norrut för att närma sig Östersjön. Efter att ha fått ytterligare tre bifloder – Osa från höger och Wda och Wierzyca från vänster – går Vistula in i Żuławy Wiślane, dess deltaområde, som är känt för sin utomordentligt bördiga jordmån. Żuławy är en skogslös slätt, delvis under havsnivån, som genomkorsas av Weichsel och dess grenar, tillsammans med ett stort antal kanaler och dräneringsdiken. Några av de lokala vallarna och dikena härstammar från 1200-talet. Under andra världskriget översvämmades en stor del av Żuławy, men förbättringar gjordes under efterkrigsåren.
Förr i tiden korsade Weichsel sitt delta och kom ut i havet genom två eller flera grenkanaler, särskilt Nogat, som mynnade ut i Weichsellagunen, och Leniwka (numera kallad Martwa Wisła), som följde den egentliga Weichselkanalen till Gdańskbukten. I slutet av 1800-talet påbörjades förbättringar som i slutändan syftade till att kontrollera Weichselns utlopp i havet och göra hela deltaområdet ekonomiskt produktivt: först grävdes en skärning mot öppet hav nära Świbno för att underlätta avrinningen av översvämningsvatten och för att avlägsna skräp och is som flödet förde med sig. Senare separerades alla sidovattendrag med hjälp av slussar, vilket gjorde dem navigerbara med kontrollerade flöden; skärningen vid Świbno förlängdes in i öppet hav genom att man förlängde de kontrollerande vallarna. Den sistnämnda ändringen syftade till att förhindra att mer än två miljoner ton sediment som årligen transporteras ner av Vistula ackumulerades vid flodmynningen.