I de områden där ingen bevattning sker kan olika växtzoner grovt delas in efter mängden nederbörd.
Tropisk regnskog finns längs Nilen-Kongos skiljelinje, i delar av Lake Plateau och i sydvästra Etiopien. Värme och riklig nederbörd ger täta skogar med en stor variation av tropiska träd och växter, bland annat ebenholts-, banan-, gummi-, bambu- och kaffebuskar. Blandade skogar och gräsmarker (savann), som kännetecknas av en sparsam tillväxt av glest lövade träd av medelhög höjd och ett marktäcke av gräs och fleråriga örter, förekommer i stora delar av sjöplatån, i delar av den etiopiska högplatån, i det område som gränsar till Blå Nilen nära Al-Ruṣayriṣ och i södra Al-Ghazāl-flodens region.
På de sudanesiska slätterna dominerar en blandning av tunna buskar, törnebuskar, taggiga träd och öppna gräsmarker. Detta område är sumpigt under regnperioden, särskilt i Al-Sudd-regionen i centrala Sydsudan, som har en yta på nästan 100 000 kvadratkilometer. Vegetationen där omfattar papyrus, höga bambuliknande gräs, vassbuk eller turor, vattensallat, en art av convolvulus och den sydamerikanska vattenhyacinten.
Nord för latitud 10° N finns ett bälte av taggig savann eller fruktträdgårdsbuskmarker som kännetecknas av små utspridda trädbestånd, taggbuskar och – efter regn – gräs och örter. Norr om detta minskar dock nederbörden och vegetationen tunnas ut, så att landskapet är översållat med små taggiga buskar, mestadels akacior. Från Khartoum norrut finns en riktig öken, med sparsam och oregelbunden nederbörd och ingen permanent vegetation alls förutom några få förkrympta buskar. Gräs och små örter kan finnas utspridda längs dräneringslinjerna efter regn, men dessa dör bort på några veckor. I Egypten är vegetationen nära Nilen nästan helt och hållet resultatet av bevattning och odling.
Många olika sorters fiskar finns i Nilsystemet. Bland de fiskar som finns i det nedre Nilsystemet kan nämnas nilabborre (som kan nå en vikt på mer än 175 pund), bolti (en Tilapia-art), barbeldjur, flera arter av havskatt, elefantnötfisk och tigerfisk, eller vattenleopard. De flesta av dessa arter och den sardinliknande Haplochromis, lungfisken och slamfisken finns så långt uppströms som Victoriasjön. Den vanliga ålen tränger så långt söderut som till Khartoum, och den taggiga ålen finns i Victoriasjön.
Målad speciellt för Encyclopædia Britannica av Tom Dolan, under överinseende av Loren P. Woods, Chicago Natural History Museum
Nilkrokodilen, som finns i de flesta delar av floden, har ännu inte trängt in i sjöarna i det övre Nilbäckenet. Andra reptiler som finns i Nilbäckenet är bland annat den mjukskaliga sköldpaddan, tre arter av varaner och ett 30-tal arter av ormar, varav mer än hälften är giftiga. Flodhästen, som en gång i tiden var vanlig i hela Nilsystemet, finns numera endast i Al-Sudd-regionen och i söder.
© Digital Vision/Getty Images
Många fiskstimmar som livnärde sig på Nilens vatten i Egypten under översvämningssäsongen har minskat eller försvunnit sedan byggandet av den höga dammen i Assuan. De flesta arter av fiskar i Nilen var vandringsfiskar, och dammen har hindrat många från att vandra till Nasser-sjön. Det minskade antalet ansjovisfiskar i östra Medelhavet har också tillskrivits den kraftiga minskningen av utflödet av vattenburna näringsämnen till följd av dammen. Nasser-sjön har dock utvecklats till ett kommersiellt fiske, där nilabborre och andra arter trivs.