I eukaryotisk transkription av mRNA:s känns terminatorsignaler igen av proteinfaktorer som är associerade med RNA-polymeras II och som utlöser termineringsprocessen. När poly-A-signalerna har transkriberats i mRNA:t överförs proteinerna cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF) och cleavage stimulation factor (CstF) från RNA-polymeras II:s karboxylterminala domän till poly-A-signalen. Dessa två faktorer rekryterar sedan andra proteiner till platsen för att klyva transkriptet, vilket frigör mRNA från transkriptionskomplexet, och lägger till en sträng av cirka 200 A-repeats till mRNA:s 3′ ände i en process som kallas polyadenylering. Under dessa bearbetningssteg fortsätter RNA-polymeraset att transkribera i flera hundra till några tusen baser och dissocieras så småningom från DNA och nedströms transkriptet genom en oklar mekanism; det finns två grundmodeller för denna händelse som kallas torpedomodellen och den allosteriska modellen.
TorpedomodellenEdit
När mRNA:t är färdigställt och klyvs av vid poly-A-signalssekvensen, förblir den överblivna (kvarvarande) RNA-strängen bunden till DNA-mallen och RNA-polymeras II-enheten och fortsätter att transkriberas. Efter denna klyvning binder ett så kallat exonukleas till den kvarvarande RNA-strängen och avlägsnar de nytranskriberade nukleotiderna en i taget (även kallat ”nedbrytning” av RNA) och rör sig mot det bundna RNA-polymeras II. Detta exonukleas är XRN2 (5′-3′ Exoribonukleas 2) hos människor. I denna modell föreslås att XRN2 fortsätter att bryta ned det olockade kvarvarande RNA från 5′ till 3′ tills det når RNA pol II-enheten. Detta gör att exonukleaset ”trycker av” RNA pol II-enheten när det rör sig förbi den, vilket avslutar transkriptionen samtidigt som det rensar upp den kvarvarande RNA-strängen.
I likhet med Rho-beroende terminering utlöser XRN2 dissocieringen av RNA-polymeras II genom att antingen trycka bort polymeraset från DNA-mallen eller dra ut mallen från RNA-polymeraset. Mekanismen genom vilken detta sker förblir dock oklar och har ifrågasatts för att inte vara den enda orsaken till dissociationen.
För att skydda det transkriberade mRNA från nedbrytning av exonukleaset läggs en 5′-hätta till strängen. Detta är ett modifierat guanin som läggs till på framsidan av mRNA, vilket hindrar exonukleaset från att binda och bryta ned RNA-strängen. En 3′-poly(A)-svans läggs till i slutet av mRNA-strängen för att även skydda mot andra exonukleaser.
Allosterisk modellRedigera
Den allosteriska modellen föreslår att termineringen sker på grund av den strukturella förändringen av RNA-polymeras-enheten efter att den har bundit sig till eller förlorat några av sina associerade proteiner, vilket gör att den lossnar från DNA-strängen efter signalen. Detta skulle inträffa efter att RNA pol II-enheten har transkriberat poly-A-signalsekvensen, som fungerar som terminatorsignal.
RNA-polymeras kan normalt transkribera DNA till enkelsträngat mRNA på ett effektivt sätt. Vid transkription över poly-A-signalerna på DNA-mallen induceras dock en konformationsförskjutning i RNA-polymeraset från den föreslagna förlusten av associerade proteiner från dess karboxylterminala domän. Denna konformationsförändring minskar RNA-polymerasets processivitet och gör enzymet mer benäget att separera från sitt DNA-RNA-substrat. I detta fall avslutas termineringen inte genom nedbrytning av mRNA utan förmedlas i stället genom att RNA-polymerasets förlängningseffektivitet begränsas och därmed ökar sannolikheten för att polymeraset dissocieras och avslutar sin aktuella transkriptionscykel.