TAIR – Om Arabidopsis

Om Arabidopsis

• Sammanfattning
• Historia om Arabidopsis thaliana
• Gemensamma namn för ett ovanligt ogräs.
• Geografisk fördelning av ekotyper och historik över några favoritstammar från laboratoriet.
• Arabidopsis tillväxtstadier och tidslinje för händelser
• 101 sätt att odla Arabidopsis
• Arabidopsis roll och betydelse som modellorganism
• Genom Snapshot
• Böcker om. Arabidopsis och metoder inom Arabidopsis-forskning
• Timeline of major events in Arabidopsis research

Sammanfattning Arabidopsis thaliana är en liten blommande växt som i stor utsträckning används som modellorganism inom växtbiologin. Arabidopsis är en medlem av senapsfamiljen (Brassicaceae), som inkluderar odlade arter som kål och rädisor. Arabidopsis har ingen större agronomisk betydelse, men erbjuder viktiga fördelar för grundforskning inom genetik och molekylärbiologi. Klicka på länken till NCBI:s Taxonomy Browser för att se Arabidopsis taxonomi eller för att se Brassicaceae. Det finns också ett Wikipedia-inlägg. Några användbara statistiska uppgifter: Ett litet genom (114,5 Mb/125 Mb totalt) har sekvenserats år 2000 (SequenceViewer, AGI). Omfattande genetiska och fysiska kartor över alla fem kromosomer (MapViewer). En snabb livscykel (ca 6 veckor från groning till moget frö). En riklig fröproduktion och enkel odling på begränsat utrymme. Effektiva transformationsmetoder med hjälp av Agrobacterium tumefaciens. Ett stort antal mutantlinjer och genomiska resurser, varav många är tillgängliga från Stock Centers. Multinationell forskningsgemenskap av akademiska, statliga och industriella laboratorier. Dessa fördelar har gjort Arabidopsis till en modellorganism för studier av blommande växters cell- och molekylärbiologi. TAIR samlar in och tillgängliggör den information som härrör från dessa ansträngningar.Utsikt över Arabidopsis thaliana Arabidopsis thalianas historia som forskningsorganism. ”Arabidopsis thaliana upptäcktes av Johannes Thal (därav thaliana) i Harzbergen på 1500-talet, även om han kallade den Pilosella siliquosa (och den har genomgått ett antal namnbyten sedan dess). Den tidigaste rapporten om en mutant (som jag känner till) var från 1873 (av A. Braun). F. Laibach sammanfattade först Arabidopsis thalianas potential som en modellorganism för genetik 1943 – han arbetade dock med den mycket tidigare och publicerade dess korrekta kromosomnummer 1907. Den första samlingen av inducerade mutanter gjordes av Laibachs elev E. Reinholz. Hennes avhandling lämnades in 1945 och arbetet publicerades 1947. Langridge spelade en viktig roll för att fastställa organismens egenskaper och användbarhet för laboratoriestudier på 1950-talet, liksom Rédei och andra (t.ex. J.H. van der Veen i Nederländerna, J. Veleminsky i Tjeckoslovakien och G. Röbbelen i Tyskland) på 1960-talet. Ett av Rédeis många viktiga bidrag var att skriva vetenskapliga recensioner om Arabidopsis, en särskilt grundlig sådan finns i Bibliographica Genetica vol 20, No. 2, 1970, pp. 1- 151. Han skrev en mer lättfunnen i Ann. Rev. Genet. (1975) vol. 9,111-127. Båda går igenom en del av den tidiga historien om användningen av Arabidopsis i laboratoriet, även om den längre från 1970 innehåller alla detaljer.”

–från Elliot Meyerowitz, 1998

Gemensamma namn för Arabidopsis Enligt Redei, GP. (1992) A heuristic glance at the past of Arabidopsis genetics. In Methods in Arabidopsis Research, eds C. Koncz, NH Chua, J Schell, Wold Scientific,Singapore pp1-15. Engelska: Tyska: Schmalwand, Gänsekraut, Thal’s Gänsekresse Franska: arabette rameuse, arabette des dames Spanska: arabide Holländska: zandraket Danska: gåsemad Norska: vårskrinneblom Ungerska: lúdfü Polska: rzodkiewnik Japanska: Arabica: Över 750 naturliga accessioner av Arabidopsis thaliana har samlats in från hela världen och finns tillgängliga från de två största utsädescentren, ABRC och NASC. Dessa accessioner är ganska varierande när det gäller form och utveckling (t.ex. bladform, hårighet) och fysiologi (t.ex. blomningstid, sjukdomsresistens). Forskare runt om i världen använder sig av dessa skillnader i naturliga accessioner för att avslöja de komplexa genetiska interaktionerna, t.ex. de som ligger till grund för växters reaktioner på miljön och evolutionen av morfologiska egenskaper. Även om många samlingar av naturliga accessioner kanske inte uppfyller den strikta definitionen av en ekotyp, kallas de vanligen för ekotyper i den vetenskapliga litteraturen. PNG-bild av den globala spridningen (1993, från Jonothan Clarke) Den här figuren har tagits fram av Jonathan Clarke för hans doktorsavhandling (1993) i samarbete med Caroline Dean i Norwich, Storbritannien. Kartan bygger på, dvs. den har ritats om från ett original av George Redei (1969). Världskarta som visar den geografiska fördelningen (longitud, latitud, höjd) av mer än 30 ekotyper av Arabidopsis. Denna bild har vänligen tillhandahållits av University of Toronto och finns också tillgänglig som en interaktiv karta på deras webbplats http://www.bar.utoronto.ca/ Distribution map of Arabidopsis in the USA from the USDA’s Plants Database.För att se kartan interaktivt (genom att klicka på länkarna i delstaterna för att få en fördelning över hela länet) och för att se andra uppgifter, gå till webbplatsen Plants Database och ange Scientific Name =Arabidopsis thaliana. Följ länkarna för att se utbredning och andra länkar. Information om ursprunget för ofta använda ekotyper (Landsberg erecta, Columbia och Wassilewskija) från NASC. Arabidopsis tillväxtstadier och tidslinje Tidtabell över tillväxtstadier som bestämts för Arabidopsis ekotyp Columbia-O från Boyes, et.Hal. (2001) The Plant Cell 1499-1510. Se en tidsförloppsfilm av ett groende Arabidopsisfrö, från 0 till 65 timmar efter plantering. Ekotypen är Col-0, bilderna togs var 10:e minut. Denna Quicktime-film tillhandahölls tack vare dr Ronny Joosen (Wageningen University) till TAIR. Se en tidsförloppsfilm som visar tillväxten av Arabidopsis från 4 dagar efter plantering (dap) till 22 dap. Columbia-plantorna odlades i konstant ljus i en tillväxtkammare; bilderna togs var trettionde minut. Denna 65 MB stora Quicktime-film omfattar händelserna efter groning fram till skottlossning. Originalvideon tillhandahölls till TAIR av Dr. Nick Kaplinsky (Swarthmore College, PA) och överfördes till Quicktime-format. Du kan ladda ner Quicktime här. Information om Arabidopsis som genetisk modellorganism Arabidopsis som modellväxt: rapport från NSF och MASC. Arabidopsis – A Plant Genome Project, ett av Nifty50-projekten från National Science Foundation, USA. Böcker om Arabidopsis Arabidopsis: A Laboratory Manual Detef Weigel and Jane Glazebrook Cold Spring Harbor Lab Press, 2002 En omfattande och detaljerad laboratoriehandbok för Arabidopsis med avsnitt om växttillväxt, genetisk analys, proteomik och genomik. The Arabidopsis Book Chris Somerville och Elliot Meyerowitz American Society of Plant Biologists. Ett webbaserat dynamiskt kompendium om Arabidopsis biologi. Kapitlen är skrivna av experter på sina områden och finns tillgängliga online och gratis som PDF-dokument (Portable Document Format). Arabidopsis: Ett praktiskt tillvägagångssätt. (2000) Zoe Wilson ed. Oxford University Press, Oxford, Storbritannien. Fler protokoll och metoder Arabidopsis: Annual Plant Reviews, Vol.1. (1998) Mary Anderson och Jeremy Roberts, red. CRC Press, Boca Raton, FL, USA. Arabidopsis. (1994) Elliot M. Meyerowitz, Chris R. Somerville, red. CSHL Press, New York, USA. En ganska omfattande översikt över Arabidopsis Arabidopsis : an Atlas of Morphology and Development. (1993) John L. Bowman ed. Springer-Verlag, Berlin & New York. Bilder och beskrivningar av normala och muterade Arabidopsisplantor Methods in Arabidopsis research. (1992) Csaba Koncz, Nam-Hai Chua, Jeff Schell eds. Protokoll och metoder för Arabidopsisforskare Timeline 2005: TAIR:s första genomutgåva (version TAIR 6.0, november 2005). 2004: Slutlig version av TIGR Genome (version TIGR 5.0, mars 2004). 2003: TIGR 4.0 Genome release (juni 2003). 2001: Ökad tonvikt på funktionell och komparativ genomik, NSF2010-programmet. 2000: Slutförande av genomsekvensen. 1999: DNA-chips och mikroarrayer finns tillgängliga. 1999: Kromosomerna II och IV sekvenserade . 1998: Arabidopsis presenteras i Science genome issue . 1997: Fysiska kartor över alla kromosomer färdigställda. 1996: Arabidopsis Genome Initiative organiseras. 1995: Standard BAC- och P1-bibliotek konstruerade. 1994: Insatser för sekvensering av cDNA inleddes. 1993: Hög effektivitet vid omvandling fastställs. 1992: Den första kromosomvandlingen publiceras. 1991: Stammar och databaser etablerade. 1990: Arabidopsis-genomprojektet inleds. 1989: Första T-DNA-märkta mutantgen klonad. 1988: Första RFLP-kromosomkartan publicerad. 1988: Elektronisk nyhetsgrupp för Arabidopsis inrättas. 1986: De första gensekvenserna av Arabidopsis publiceras. 1986: Transformation med Agrobacterium rapporterades 1985: Första gången som modell för molekylär genetik. 1984: Genomets storlek och komplexitet karakteriseras. 1983: Första detaljerade genetiska kartan publicerad. 1980: Ökade intresset för att använda Arabidopsis för att studera växters biokemi, fysiologi och utveckling. 1976: Andra internationella konferensen om Arabidopsis. 1970: Första större översiktsartikel publicerad. 1965: Första internationella konferensen om Arabidopsis. 1964: Första nyhetsbrevet om Arabidopsis publiceras.