Stephen Jay Gould, (född 10 september 1941 i New York, New York, USA – död 20 maj 2002 i New York), amerikansk paleontolog, evolutionsbiolog och vetenskapsskribent.
Gould utexaminerades från Antioch College 1963 och disputerade i paleontologi vid Columbia University 1967. Han blev medlem av fakulteten vid Harvard University 1967 och blev ordinarie professor där 1973. Goulds egen tekniska forskning fokuserade på evolutionen och artbildningen av västindiska landsnäckor. Tillsammans med Niles Eldredge utvecklade han 1972 teorin om punktuell jämvikt, en revidering av Darwins teori som föreslår att skapandet av nya arter genom evolutionär förändring inte sker i långsam, konstant takt under miljontals år utan snarare i snabba utbrott under så korta perioder som tusentals år, som sedan följs av långa perioder av stabilitet under vilka organismerna genomgår få ytterligare förändringar. Goulds teori motarbetades av många, däribland den amerikanske biologen Edward O. Wilson, som ansåg att evolutionen i huvudsak är progressiv och leder från det enkla till det komplexa och från det sämre anpassade till det bättre.
Gould hävdade också att populationsgenetik är användbar – ja, till och med helt avgörande – för att förstå relativt småskaliga eller kortsiktiga evolutionära förändringar, men att den inte kan ge insikt i storskaliga eller långsiktiga förändringar, som t.ex. den kambriska explosionen. Man måste vända sig till paleontologin i sin egen rätt för att förklara dessa förändringar, som mycket väl kan inbegripa utdöenden som orsakats av utomjordiska krafter (t.ex. kometer) eller nya typer av urval som endast verkar på nivåer högre än den enskilda organismen. Liksom Goulds teori om evolutionär förändring fick mycket av hans senare arbete kritik från andra forskare.
Avstånd från sin tekniska forskning blev Gould allmänt känd som författare, polemiker och popularisatör av evolutionsteorin. I sina böcker Ontogeny and Phylogeny (1977), The Mismeasure of Man (1981), Time’s Arrow, Time’s Cycle (1987) och Wonderful Life (1989), spårade han förloppet och betydelsen av olika kontroverser i evolutionsbiologins, intelligenstestningens, geologins och paleontologins historia. Från 1974 bidrog Gould regelbundet med essäer till tidskriften Natural History, och dessa samlades i flera volymer, bland annat Ever Since Darwin (1977), The Panda’s Thumb (1980) och Hen’s Teeth and Horse’s Toes (1983). I Rocks of Ages: Science and Religion in the Fullness of Life (1999) förkastade Gould, som då var ordförande för American Association for the Advancement of Science, det arbete som utförts av personer som försökt integrera vetenskap och religion. Enligt Gould har vetenskapen och religionen aldrig varit i krig utan bör förbli åtskilda. Goulds vetenskapliga texter kännetecknas av en graciös litterär stil och förmågan att behandla komplexa begrepp med absolut klarhet.