Mission San Buenaventura grundades den 31 mars 1782 och är den nionde i missionskedjan, den sista som grundades under fader Serras livstid och en av sex missioner som han själv invigde. Uppdraget byggdes som en del av Santa Barbara Channel-sektionen, som omfattade missionerna i Santa Barbara och La Purísima samt El Presidio i Santa Barbara.
Fäderna, som redan hade tre missioner i norra och tre i södra Kalifornien, fruktade en indianrevolt i delstatens mitt. De trodde att en indianrevolt kunde bli förödande på grund av områdets terräng. Bergen i Santa Barbara Channel-zonen sluttar graciöst nedåt mot havet och lämnar lite utrymme för passage. Missionärerna fruktade att arga indianer lätt skulle kunna dela upp delstaten och begränsa spanjorerna till kommunikation till sjöss. Revolten inträffade aldrig, och Mission San Buenaventura fortsatte som en stor jordbruksproducent.
Indianerna i området var Chumash, som täckte området från Ventura norrut till San Luis Obispo. Chumash var den mest avancerade av alla missionsstammar. Med hjälp av kanoter, som denna kopia av en plankanot, reste Chumash ofta till kanalöarna i Santa Barbara, som låg upp till 65 mil från fastlandet. Chumash var utmärkta på korgtillverkning, ett mått som spanjorerna ofta använde för att bedöma intelligensen hos en indianstam. Indianerna använde korgarna för att laga mat, fånga fisk och bära vatten.
Under ledning av Padre Cambon byggde infödingarna en sju mil lång akvedukt som förde vatten från Ventura-floden till denna vattenfiltreringsbyggnad. Den fick det passande namnet el caballo, som betyder ”häst” på spanska, eftersom det sades att utloppet liknade ett hästhuvud. El caballo inspirerade senare till skräck och förakt när den omvandlades till ett fängelse.
En unik del av Mission San Buenaventura är dessa träklockor. De användes under den heliga veckan, mellan palmsöndagen och påsken, medan metallklockorna var tysta. Även om de säkert är original är deras ursprung ett mysterium.
Efter en serie jordbävningar och en medföljande flodvåg 1812 har kyrkan blivit vackert restaurerad; den innehåller ett 400 år gammalt krucifix från Filippinerna. I mitten ovanför tabernaklet står den helige Bonaventure, uppdragets beskyddare. I kyrkan finns också en helgedom av Nuestra Señora de Guadalupe.