Fysiografi
Rhône har sitt ursprung i de schweiziska alperna, uppströms från Genèvesjön. Den uppstår på en höjd av cirka 1 830 meter och kommer från Rhône-glaciären, som går nedför den södra flanken av Dammastock, en nästan 3 700 meter hög topp, på en höjd av cirka 1 000 fot. Floden passerar sedan genom Gletschbäckenet, från vilket den kommer ut genom en klyfta, och rinner längs botten av Gomsdalen på en höjd av mellan 1 200 och 1 400 meter. Därefter går den in i en annan ravin innan den når Valais-slätten, som sträcker sig mellan städerna Brig och Martigny, och sjunker mellan 700 och 500 meter. När floden korsar detta höga och karga bergsområde använder den sig successivt av två strukturella rännor: den första rinner mellan två gamla kristallina bergsmassiv – Aare och Gotthard – och längre nedströms rinner den andra mellan de bågformade bergsmassorna i de bernska alperna och, i söder, de massiva bergsväggarna i de Penninska alperna. Från Brig och framåt förändras landskapet. Under den senaste istiden plöjde en stor glaciär, som matades av flera små glaciärer, ner Valais dalbotten och lyckades, med undantag för några hårdare stenhinder som finns nära staden Sion, bredda och fördjupa den smala dalbotten. Samtidigt höll den tillbaka både den övre delen av Rhône och de av dess bifloder som kommer ner från Penninalalperna. När inlandsisen drog sig tillbaka skar både bifloderna – Vispa, Navigenze, Borgne och Drance – och Rhône nya djupa klyftor för att förbinda sina nedre lopp med den nya dalbottnen. Dessa klyftor har skapat avsevärda svårigheter för moderna transporter och har gjort det nödvändigt med en rad hårnålskurvade vägförbindelser.
Efter Martigny, där dalbotten är bredare, drar sig den unga Rhône norrut i en rät vinkel och skär över Alperna genom en tvärgående dalgång. Till en början, nära staden Saint-Maurice, är detta inte mer än en liten ravin, men den blir snart bredare och flackare. Även där har flodens sträckning gynnats av strukturella faktorer, särskilt av en sänka i de kristallina bergsmassiven som löper från Mont Blanc till Aare och av diskontinuiteten mellan kalkstensmassorna i Dents du Midi och Dent de Morcles. På andra sidan bergsbarriären kommer Rhônes leriga vatten in i en annan vidsträckt slätt omgiven av höga berg och störtar sedan ner i Genèvesjöns klarare, lugnare vatten och bildar ett växande delta.
Den andra sektorn av Rhônes lopp börjar med Genèvesjön, som är stor (224 kvadratkilometer ) och djup (1 000 fot ) och ligger mellan Schweiz och Frankrike i en bassäng som den före detta Rhôneglaciären har urholkat ur den mindre motståndskraftiga terrängen. Efter att ha lämnat Genèvesjön, som har vänt flodens lopp åt sydväst och avlett sedimenten från dess vatten, återfår Rhône mycket snabbt den mjölkaktiga färg som är så karakteristisk för alpina floder. Strax nedanför staden Genève får den sin kraftfulla biflod Arve, som rusar ner från Mont Blancs glaciärer.
Från sin förbindelse med Arve till den franska staden Lyon måste Rhône passera ett svårt hinder, den böljande serie av bergsryggar som utgör Jurabergen. Det gör den genom att skära genom djupa längsgående dalar som kallas vaux och tvärgående dalar som kallas cluses, som bildades när Jurabergen lyftes upp under den alpina orogenesen. Som ett resultat av detta följer floden ett komplicerat sicksackförlopp. Vid staden Bellegarde får floden norra delen av Valserine och svänger söderut för att sedan störta ner i en djup klyfta som nu är nedsänkt i den 22 km långa Génissiatreservoaren. I de bredare delarna av sitt lopp i denna region rinner Rhône genom av glaciärer utgrävda bassänger som dess egna avlagringar knappt har fyllt ut, vilket ger upphov till tillfälliga sumpiga områden. Den får också kontakt med Ain från norr och, på den vänstra stranden, med Fier och Guiers. Därefter breddas floden, terrängen blir mindre kuperad, och vid Le Parc (cirka 95 miles ovanför Lyon) blir den officiellt farbar, även om det genomsnittliga djupet inte är mer än tre fot.
Vid Lyon går Rhône in i sin tredje sektor, som går söderut mot Medelhavet, med ett lopp som kännetecknas av den stora nord-sydliga alpina rännan, som också avvattnas av dess viktigaste biflod, Saône. Den senare ligger i de bassänger som istidens glaciärer har skapat mellan Jurabergen i öster och, längre västerut, den östra kanten av Parisbäckenet och Centralmassivets högland. Det utgör en viktig kommersiell länk till de industrialiserade regionerna i norra Frankrike. Från och med staden Lyon och framåt ligger floden i den dalgång som ligger mellan Centralmassivet och Alperna, en kanal som havet från den paleogena och neogena perioden (för cirka 66 till 2,6 miljoner år sedan) steg upp i och täckte den nuvarande Rhônedalen i Frankrike. (Det är vanligt att man skiljer mellan två Rhône-dalar: en i Schweiz och en i Frankrike. Den franska Rhônedalen är uppdelad i den övre Rhônedalen, som sträcker sig från den schweiziska gränsen till Lyon, och den nedre Rhônedalen, som sträcker sig från Lyon till Medelhavet). En vattenförekomst, Bresse-sjön, som breder ut sig över Saônebäckenet. I denna sjö rann en flod – den nuvarande Rhen – som sedan flöt söderut genom dalen och in i Saônebäckenet. Senare tektoniska rörelser fick Rhen att vända sitt flöde, och Doubs, en biflod till Saône, följer nu delvis det tidigare avrinningsmönstret för Rhen. För cirka 5 miljoner år sedan lyftes havsviken upp för att frilägga Rhônedalen (i dagens Frankrike), och Bresse-sjön dränerades söderut genom Saône-floden.
Och även om Rhône-Saône-korridoren underlagras av sediment som lagts ner under de paleogena och neogena perioderna, är en stor del av dess nuvarande yta bildad av spillror som avsatts av dalglaciärer som sträckte sig från Alperna under den pleistocena epoken (för cirka 2 588 000 till 11 700 år sedan). Dessa sediment bidrog till att skära djupa kanaler genom kanten av det kristallina Centralmassivet, vilket framgår i Vienne och Tain. Den nedre Rhonedalen har följaktligen formen av en rad klyftor och bassänger, där den senare ofta har en rad terrasser som motsvarar variationerna i is- och flodnivåerna. Även om bifloderna – särskilt Ardèche – som rinner ner i Rhône från Centralmassivet är formidabla vid översvämningar, är de stora alpina floderna – Isère och Durance, som ansluter till den vänstra stranden – de viktigaste när det gäller deras inverkan på avlagringar i flodbäddarna och på vattenmängden. Nedanför Mondragon blir nedre Rhônedalen bredare, och det som en gång var ett sumpigt landskap öppet för översvämningar har reglerats genom en rad dammar och kanaler.
Floddeltaet börjar nära Arles och sträcker sig cirka 40 km till havet. Dubbelkanaler av floden, Grand och Petit Rhône, omsluter regionen Camargue. Denna region, som bildats av alluvium, sträcker sig kontinuerligt ut i Medelhavet. De finare materialen transporteras av landströmmarna och bildar kustens barriärstränder och de sandbankar som stänger Étang de Berre. En del av deltat har avsatts som naturreservat för att skydda födosöks- och häckningsområden för flamingos, hägrar, ibis och andra sällsynta arter. Sedan 1962 har den vänstra stranden av Fos omvandlats till ett stort industrikomplex bestående av hamnanläggningar, raffinaderier, oljelagertankar och stålverk.