Ponca-indianerna skilde sig på 1700-talet från Omaha-stammen och etablerade byar längs Niobrara-floden och Ponca Creek i nuvarande Nebraska och South Dakota. Där livnärde de sig på trädgårdsodling och bisonjakt. Fram till ankomsten av Teton Sioux omkring 1750 sträckte sig Poncas territorium från Missourifloden till Black Hills. Smittkoppor och andra sjukdomar under 1700- och 1800-talen minskade deras antal. Siouxernas krigföring tvingade dem att dra sig tillbaka till ett område nära Niobraraflodens mynning.
Poncas krigade aldrig mot Förenta staterna, med vilka de undertecknade sitt första fredsavtal 1817. Ett handelsavtal följde 1825. År 1858 och 1865 undertecknade Ponca också fördrag om avstående av mark i utbyte mot militärt skydd och ekonomiskt bistånd. Under 1860- och 1870-talen förde torka, misslyckade bisonjakter och ett oavbrutet siouxhot Ponca till svältgränsen. Istället för att hedra sina fördragsförpliktelser överlät USA Ponca-marken till siouxerna 1868. I stället för att omförhandla Sioux-fördraget flyttade den federala regeringen Ponca till Indian Territory 1877.
Ponca-förflyttningen hanterades grovt felaktigt. USA misslyckades inte bara med att få Ponca-chefernas samtycke utan försummade också att tillhandahålla ett reservat med adekvata faciliteter. Enligt vissa uppskattningar omkom nästan 158, nästan en tredjedel av stammen, under de första åren i Oklahoma. Efter sin sons död 1878 återvände Ponca-underhövding Standing Bear till Nebraska med en grupp anhängare. Hans arrestering och rättegång ledde till ett avgörande beslut i den federala indianjuridiken. Domstolen beslutade i Standing Bear v. Crook (1879) att indianer erkändes som personer enligt det fjortonde tillägget och därför kunde stämma för sina rättigheter. Beslutet delade stammen i ett nordligt och ett sydligt band, eftersom Standing Bears anhängare fick stanna kvar i Nebraska.
Den södra Ponca-stammen under huvudhövdingen White Eagle bosatte sig i ett 101 000 hektar stort reservat nära sammanflödet av floderna Salt Fork och Arkansas i Cherokee Outlet (nuvarande Kay och Noble counties i Oklahoma). De upprättade vinterläger längs Arkansasfloden och fortsatte att praktisera sina stammeskick. De arrenderade ut det mesta av sin mark till euroamerikanska jordbrukare och ranchägare, däribland bröderna Miller från 101 Ranch.
Ponca-kulturen utsattes för påtryckningar på 1880- och 1890-talen. Agenter och missionärer försökte avskaffa traditionella danser, äktenskapspraxis och religiösa sedvänjor. Trots stammens motstånd införde regeringen också sin tilldelningspolitik för dem 1892, vilket resulterade i att en stor del av deras mark så småningom blev avyttrad. Ponca-folket utsattes återigen för påtryckningar efter att oljemannen Ernest Whitworth Marland 1911 upptäckte olja i och nära deras reservat. Utvecklingen av oljefälten i Ponca och Tonkawa orsakade miljöproblem och tvingade Ponca att överge sina vinterläger längs Arkansasfloden och flytta till individuella tilldelningar.
Trots dessa påtryckningar fortsatte Ponca att forma sin kultur. Många anslöt sig till bröderna Millers 101 Ranch Wild West Show, vilket gjorde det möjligt för dem att återskapa aspekter av sin traditionella livsstil. Införandet av peyote-religionen gjorde det möjligt för dem att etablera sin egen version av kristendomen. Två utbildade unga Ponca, Frank Eagle och Louis McDonald, var medgrundare av Native American Church 1918.
1919 bildade Ponca-veteraner från första världskriget en American Legion-avdelning som kallades Buffalo Post 38. Denna organisation återupplivade sådana traditionella krigsrelaterade sedvänjor som Poncas krigsdans (heluska). Dansen förblev det centrala uttrycket för den traditionella Ponca-kulturen. I hela Oklahoma var Ponca känd för sin kunskap om sånger och danser. De gav viktiga bidrag till utvecklingen av powwow-kulturen på de södra slätterna. År 1926 kröntes Gus McDonald till den första världsmästaren i fancy dancing, vilket gav Ponca hedersbetygelsen att organisera världsmästerskapen varje år. Den årliga Ponca powwow, en av de äldsta powwowerna i Oklahoma, hålls varje år i augusti.
Under 1950 organiserade Ponca ett stamstyrelse i enlighet med Oklahoma Indian Welfare Act från 1936. Stammens högkvarter ligger i White Eagle, fem mil söder om Ponca City. År 1961 var Clyde Warrior, en Ponca-aktivist, med och grundade National Indian Youth Council. Warriors krav på stammens självbestämmande banade väg för en ny generation indianaktivister på 1960-talet och i början av 1970-talet.
Turbulens präglade Ponca-stammens politik under 1970- och 1980-talen. Anklagelser om bedrägeri och misskötsel ledde till en hög omsättningskvot bland tjänstemännen i stammens affärskommitté, stammens styrande organ. När den federala regeringen minskade stammens finansiering på 1980-talet startade kommittén en bingoverksamhet för att öka intäkterna. För närvarande är spel för indianer en av de mest omstridda frågorna mellan staten Oklahoma och Ponca-samhället.
Relationerna mellan Ponca i Oklahoma och Ponca i Nebraska förbättrades efter att USA:s regering återställde erkännandet av den sistnämnda 1990. Sedan dess har båda samarbetat i många frågor, bland annat när det gäller repatriering av mänskliga kvarlevor och artefakter enligt Native American Graves Protection and Repatriation Act (NAGPRA). En av de största utmaningarna för Oklahomas Ponca-samhälle är att bevara sitt språk och sina kulturella traditioner. År 2003 hade Ponca-stammen i Oklahoma 2 549 inskrivna medlemmar.